Flemingsbergs kyrka ligger i Flemingsbergs centrum, i närheten av Huddinge sjukhus. Det är en tidstypisk byggnad i brunt tegel byggd 1975. En fristående klockstapel ger byggnaden kyrkokaraktär. Förutom kyrkorummet innehåller byggnaden barn- och ungdomslokaler, kontor och församlingssalar.
Inne i kyrkorummet är altaret placerat i ett hörn och huvudingången finns diagonalt över kyrkorummet. Altartavlan av konstnären Per Nilsson-Öst är av skulpterad furu och en fem meter hög gobeläng gjord av Kerstin Ekengren hänger bakom predikstolen. Dopfunten är i smide och gjord av konstnären Håkan Bull.