Kyrkans SOS arbetar tillsammans med med församlingar, pastorat och stift, och är som organisation förankrad i Svenska kyrkans tro och i kyrkans diakonala uppdrag. Det är en fristående ideell organisation där SOS-linjen, Regnbågslinjen och Nätvandrarchatten ingår.
Kyrkans SOS huvuduppdrag är att genom sina tre stödlinjer erbjuda hjälp och själavård till människor i akut kris, för att de som kämpar med ensamhet, psykisk ohälsa och suicid ska ha fler att dela det svåra med.
Kyrkans SOS vill också vara en kunskapsbas för avlastande samtal mellan medmänniskor, ett kunskapscentrum som grundar sig på en tro på samtalet som en förändrande kraft för människor. Kyrkans SOS arrangerar utbildningar för både professionella och volontärer.
Hos Kyrkans SOS är alla välkomna, oavsett sexuell läggning, etnicitet, könsidentitet eller trosuppfattning.
Kyrkans SOS beskriver sig själva som en kyrka där alla är välkomna, oavsett sexuell läggning, etnicitet, könsidentitet eller trosuppfattning. De är en kyrka som inte syns, där gemenskap uppstår i varje möte med en annan människa som tar kontakt för att hen känner sig ensam i sin kamp. Så man kan säga att de snarare gör kyrka än är, och de gör det 365 dagar om året.