Helga Trefaldighets kyrka ligger i Odinslund i ett fornminnesrikt område, där flera gamla vägar möts. Uppförandet av kyrkan påbörjades troligen på 1270-talet och omnämns tidigast i ett testamente från 1302. I närheten fanns även tingsplatsen för Ulleråkers härad, som är skriftligt dokumenterad 1291.
Den nuvarande församlingskyrkan hade en föregångare som är dokumenterad i den medeltida legenden om Erik den helige. Här framgår att den var belägen på Domberget, där domkyrkan nu ligger. Då ärkesätet år 1273 flyttades till Uppsala fick Helga Trefaldighets församling uppföra en ny kyrka i Odinslund.
Byggnaden färdigställdes i etapper, där sakristian utgör det äldsta partiet. Materialet utgjordes huvudsakligen av tegel och gråsten. Till sin utformning är det en treskeppig basilika i gotisk stil.
Förmodligen var stora delar av kyrkan färdiga 1343, då den omnämns i ett brev. Västtornet, det norra vapenhuset och de båda korsarmarna har dock tillkommit senare. I samband med reformationen på 1500-talet övergavs kyrkan tillfälligt, men den återställdes sedan på uppdrag av kung Johan III. Byggnaden skadades vid stadsbranden i Uppsala 1702. Under 1904–05 genomgick den en restaurering under ledning av arkitekten Agi Lindegren.
Tornet
Västtornet utgör ett tillägg till den ursprungliga kyrkobyggnaden. När det uppfördes är inte känt, men möjligen var det kring sekelskiftet 1400. Enligt ett brev utfärdat av påven Bonifatius IX 1399 pågick i varje fall nu byggnadsarbeten vid kyrkan. Tornet pryddes tidigare med en hög spira som är känd genom avbildningar från 1600-talet. Den nuvarande låga tornhuven tillkom efter stadsbranden 1702. Vid samma tillfälle utfördes även den kyrktupp som är uppsatt på krönet.
Kyrkans målningar
Inne i kyrkan finns muralmålningar från flera olika tidsperioder. I valven förekommer en rent dekorativ utsmyckning från 1300-talet som restaurerades kraftigt 1904–05. Vid samma tid tillkom även konstnären Nils Asplunds framställning av den barmhärtige samariern på långhusets västra vägg, ovanför huvudingången. Figurmålningarna i kyrkorummet är utförda på 1470-talet av Albertus Pictor. Hans signering fanns tidigare på södra väggen i högkoret.
Glasfönstren i koret
Glasfönstren i koret tillkom vid restaureringen 1904–05. De är utförda av konstnären Carl Wilhelm Pettersson och föreställer dels bibliska händelser, dels historiska personer. Bland dem som avbildas kan nämnas Erik den helige, den Heliga Birgitta, Gustav II Adolf och psalmförfattaren Johan Olof Wallin.
Altaret
På altaret ligger sedan 1904 den ursprungliga stenaltarskivan med de fem vigningskorsen. Skivan dateras till sekelskiftet 1300. Ovanför altaret hänger konstnären Harald Sörensen-Ringis relief från 1905 som visar nattvardens instiftande. Sörensen-Ringi har även skapat den ena av de två statyetterna, föreställande professor Erik Gustaf Geijer, som återfinns på sidorna om altarbilden. Den andra altarbilden föreställer skulptören Carl Eldhs mor och tillsammans är statyetterna tänkta att representera universitetet och bondesamhället. Det kanske lite förbryllande bildprogrammet var skapat av Nathan Söderblom. Ovanför dörren till sakristian finns medeltida skulpturer som ursprungligen kommer från ett altarskåp från 1400-talet. Skåpet hade fram till omkring 1800 sin plats på högaltaret. Såväl predikstolen som bänkinredningen är formgivna av Agi Lindegren och tillverkade i samband med restaureringen 1904–05.
Kyrkorgeln
Vid korets norra vägg finns kyrkans orgel, som är byggd 1993 av Robert Gustavsson Orgelbyggeri AB, Härnösand. Orgeln är mekanisk med slejflådor. Tonomfånget är på 56/30. Fasaden är från 1991 och ritad av Ulf Oldaeus.
Mariakoret
På nordsidan finns Mariakoret, som restaurerades 1993 och har målningar av Albertus Pictor från 1470-talet. Koret används idag för dop och mindre gudstjänster. I valvet över altaret finns en målning av Marias kröning. En annan tydlig bild föreställer Marias och Elisabeths möte. På väggen, som förstördes i en brand 1921, hänger Marias gyllene krona som liksom den blå triptyken är utförd av silversmeden Anna-Stina Åberg.
Södra koret
I Södra koret är målningarna inte lika tydligt bevarade men här finns en tavla över församlingens präster sedan slutet av 1200-talet. Här hänger även ett porträtt av Nathan Söderblom, som tillträdde som kyrkoherde i Helga Trefaldighets församling 1901 och blev ärkebiskop 1914. Målningen av Söderblom utfördes postumt av Louis Sparre 1934.
Vapenhus
Vapenhusen är två till antalet. Det äldsta ligger i norr och vetter mot Uppsala domkyrka. Här finns spår av intressanta figurmålningar i valven och även spår av en Rosenkransmadonna. Det västra vapenhuset, beläget under kyrktornet, är det som huvudsakligen används i dag. Kyrkklockorna är båda gjutna efter den stora branden 1702. Lillklockan tillverkades av Gerhard Meijer 1709 och Storklockan 1874 av Johan A. Beckman.
Gravvård
Slutligen finns en gravvård i södra kyrkväggen på utsidan av kyrkobyggnaden. Den läsvärda inskriptionen innehåller inga kända namn men graven är ändå väl värd ett besök. Gravvården tillhörde bokhandlaren och prästen Magnus Swederus (död 1836) och hans hustru Catharina Elisabeth Edström (död 1783). Den fick vara kvar när Helga Trefaldighets kyrkogård i början av 1800-talet blev nedlagd och övriga gravstenar flyttades till nuvarande Gamla kyrkogården.
I murverket på sydsidan sitter även en inmurad gravhäll i litet format med ett inristat kors. Den är troligen från 1200-talet.
Denna historiska sammanfattning har gjorts med stöd av Herman Bengtsson, Upplandsmuseet.