Svenska kyrkan i Knivsta består av sex församlingar - Alsike, Husby-Långhundra, Knivsta, Lagga, Vassunda och Östuna, med totalt sju kyrkor, ett kapell och det gemensamma multihuset S:ta Maria Alsike. Flera kyrkor är byggda på medeltiden och har varit aktiva sedan dess. S:ta Maria Alsike byggdes 2010.
Här nedanför finns en lista över de församlingar som tillhör pastoratet.