I dag är S:t Jacobs kyrka en plats för musik och har egen kammarkör och egen vokalensemble. Flera orgelkonserter ges varje vecka. 

1989 hade S:t Jacobs församling 150 kyrkotillhöriga, vilket inte var tillräckligt för att vara egen församling och upprätthålla verksamheten. Kyrkan slogs då samman med Storkyrkoförsamlingen och S:ta Clara församling till Stockholms domkyrkoförsamling.

Sedan 2019 är Stockholm stift är ägare av Sankt Jacobs kyrka, dess kyrkogård och det före detta församlingshuset. Med start hösten 2021 ska församlingshuset byggas om så att byggnaden utvecklas till en långsiktigt hållbar lokallösning för stiftsorganisationens kansli.