I dag är S:t Jacobs kyrka en plats för musik och har egen kammarkör och egen vokalensemble. Flera orgelkonserter ges varje vecka. Det är också en plats för meditationer, filmcirklar, undervisning och pilgrimsvandring. Jacob är ju det helgon som mer än andra förknippas med pilgrimsresor.
1989 hade S:t Jacobs församling 150 kyrkotillhöriga, vilket inte var tillräckligt för att vara egen församling och upprätthålla verksamheten. Kyrkan slogs då samman med Storkyrkoförsamlingen och S:ta Clara församling till Stockholms domkyrkoförsamling.