I dag är S:t Jacobs kyrka en plats för musik och har egen kammarkör och egen vokalensemble. Flera orgelkonserter ges varje vecka. Det är också en plats för meditationer och undervisning.

1989 hade S:t Jacobs församling 150 kyrkotillhöriga, vilket inte var tillräckligt för att vara egen församling och upprätthålla verksamheten. Kyrkan slogs då samman med Storkyrkoförsamlingen och S:ta Clara församling till Stockholms domkyrkoförsamling.