I församlingens tre kyrkor Storkyrkan, S:ta Clara och S:t Jacob firas gudstjänst flera gånger i veckan. Året om arrangeras konserter, både större musikupplevelser med entré och gratis lunchkonserter på vardagar. Kurserna i kristen tro leder ofta till både dop och konfirmation av vuxna.
Det diakonala arbetet handlar till största delen om arbete bland människor som lever i yttersta utsatthet. Omkring 1 miljon människor besöker kyrkorna varje år.
Sedan 2009 bedriver Föreningen S:ta Clara kyrka verksamheten i S:ta Clara kyrka. Stockholms domkyrkoförsamling ansvarar för den regelbundna musikverksamheten.