Den vardagliga verksamheten bedrivs främst i Märsta kyrka och dess församlingshem, uppförda 1956. Samtidigt förvaltar församlingen två unika medeltida kyrkor: Husby-Ärlinghundra kyrka och Odensala kyrka.
Husby-Ärlinghundra kyrka är en av Uppsala stifts fyra östtornskyrkor, där tornet är placerat i öster ovanför altare och kor – en ovanlig och historiskt intressant kyrkotyp.
Odensala kyrka är en av landets mest betydelsefulla Albertus Pictor-kyrkor. Kyrkans äldsta delar är från 1100-talet, men den är framför allt känd för sina färgstarka och välbevarade kalkmålningar från slutet av 1400-talet. Målningarna, utförda av Albertus Pictor och hans verkstad, har aldrig varit överkalkade, vilket gör att de kan upplevas i nära nog originalskick. Bilderna skildrar främst bibliska berättelser och ger en stark inblick i den medeltida föreställningsvärlden.
Märsta kyrka ligger lummigt belägen nära Märsta centrum. Kyrkan uppfördes när samhället växte och invigdes 1956 av ärkebiskop Yngve Brilioth. Under åren har kyrkan byggts om och moderniserats, senast med fokus på ljus, tillgänglighet och funktionalitet. I kyrkorummet finns bland annat en glasmålning av syster Marianne från Alsike kloster samt konstverk och altartavla av konstnären Pi Eriksson.
Tillsammans speglar församlingens kyrkor både medeltida tradition och modern kyrklig närvaro – en levande mötesplats för tro, kultur och gemenskap.