Verket började som en »Missa«, bestående av Kyrie och Gloria, som Bach skrev år 1733 och överlämnade till den nye sachsiske kurfursten Friedrich August II. I ett mycket ödmjukt dedikationsbrev beskrev Bach verket som en »ringa insats«, trots att det senare kom att hyllas som ett av historiens främsta musikverk. Målet var sannolikt att vinna titeln hovkompositör vid hovet i Dresden.
Tillkomsten av mässan sträckte sig över många år. Först mot slutet av sitt liv, mellan 1748 och 1749, fullbordade Bach verket genom att lägga till Credo (Symbolum Nicenum), Sanctus, Osanna,
Benedictus, Agnus Dei och Dona nobis pacem. H-mollmässan blev därmed en fullständig mässa och samtidigt en sammanfattning av hela Bachs konstnärliga och musikaliska kunnande – hans »opus summum«.
Musiken förenar äldre renässansstil med den moderna barockens uttryck. Bach använde ofta så kallad paroditeknik, där tidigare kompositioner omarbetades och fick nya funktioner. På så sätt återanvände han musik från kantater och andra verk, men gav dem samtidigt ny mening i mässans sammanhang. Verket är uppbyggt med stor dramatisk och musikalisk variation. Körsatser, arior, duetter och fugor växlar mellan högtidlighet, jubel och innerlighet. Det mäktiga inledande Kyrie är en av Bachs längsta körsatser och etablerar verkets monumentala karaktär. Gloria präglas av praktfull orkester och virtuosa körer, medan Credo innehåller både stränga fugor och mer intima partier, som basarian Et in spiritum sanctum. I Crucifixus skildras Kristi lidande med mörk och intensiv musik, medan slutpartierna uttrycker hopp och fred.
H-mollmässan överskrider alla liturgiska ramar och ses ofta som ett universellt andligt konstverk snarare än enbart kyrkomusik. Trots att verket länge sällan framfördes i sin helhet blev det efter andra världskriget Bachs mest spelade stora körverk. Än idag betraktas det som ett av musikhistoriens mest betydelsefulla och storslagna verk.