Grundsynen vid S:ta Maria Alsike är att varje människa har ett absolut värde och skall visas kärleksfull respekt. Var och en i S:ta Marias verksamhet skall känna sig respekterad och värderas som den unika person hon eller han är.
Atmosfären i S:ta Maria Alsike skall präglas av ömsesidig respekt människor emellan och i samverkan mellan barn och vuxna. Svenska kyrkan i Knivsta har under många år bedrivit barnverksamhet bland barn i förskoleåldern; "Stora och små" i S:ta Birgittakyrkan och S:ta Maria är ett sådant exempel.
På grund av de stora inflyttningarna i Knivsta kommun såg pastoratet ett behov av en ny pedagogisk verksamhet för barn från förskoleklass till fjärde årskursen. Skolan startade hösten 2010 och har en klass i varje årskurs från f-klass to.m åk 4.