Redan på 800-talet förekom enklare orglar i den kristna kyrkan. Men först på 1700-talet blev orgeln ett vanligt instrument i de svenska kyrkorna. När kyrkan invigdes 1882 hade det blivit vanligt med särskilda kyrkokörer i den svenska kyrkan. Och sedan den tiden har det alltid funnits en kör på orgelläktaren. Det har under åren funnits flera olika orglar i Sank Pauli kyrka. Den nuvarande orgeln från 1970 är en dansk skapelse med 40 stämmor. En orgel är ett dyrbart och invecklat instrument. Det finns ett luftverk som ger ljud, och ett spelbord för organisten. Ett komplicerat regerverk ser sedan till att tangentens nedslag överförs till pipverket. Och här kan ingen undgå att se de så kallade gyllene spanska trumpeterna sticka ut bland alla orgelpipor. Orgelns musik berör och sprider glädje under en gudstjänst, och utgångsmusiken eller postludiet kallas ofta för ”organistens predikan”.
Förre biskopen Bo Giertz i Göteborg menade, att med orgeln kan vi ”lovsjunga Guds höga majestät med ett djup och en kraft, som låter våra hjärtan ana, vad vi förut icke fattade.”