Kyrkan och kyrkogården utgör tillsammans med f d skolbyggnaden och fattighuset med tillhörande uthus, gårdarna i kyrkbyn samt domarringen och gravfältet ett sockencentrum med ett framträdande läge i landskapet. Kyrkomiljön ingår som en väsentlig del av den riksintressanta kulturmiljön vid Omberg och Tåkern.
Nässja kyrka är byggd av kalksten på 1100-talet i den då vanliga romanska byggnadsstilen med långhus, smalare kor och absid i öster. Ingången var på södra sidan, där sedan ett vapenhus byggdes. Under ett par århundraden hade kyrkan i stort sett detta utseende. Men 1695 inleddes en tid med stora förändringar av kyrkan. Nämnda år befanns klockstapeln oduglig, varför ett torn uppfördes på kyrkan. 1760 vitmenades kyrkan utan och innan.
År 1815 föreslogs att kyrkan skulle rivas och en ny kyrka byggas, gemensamt för Örberga och Nässja, i Nytorp på sockengränsen. Församlingsborna motsatte sig enhälligt detta förslag och de byggde om kyrkan på eget bevåg - utan bygglov och ritningar. Valven offrades och ersattes av ett platt brädtak på samma höjd i kor och långhus. Yttertaket fick samma bredd över koret som över långhuset. Sydportalen murades igen och ingång öppnades i väster, där nytt vapenhus uppfördes istället för det borttagna på sydsidan. Med dessa förändringar hade kyrkan fått sitt nuvarande utseeende.
Bland de medeltida inventarierna kan nämnas dopfunten av sandsten vars cuppa är prydd med fabeldjur och härstammar från kyrkans byggnadstid.