Naturmiljö
Skogsbruk
En del av Uppsala stifts produktiva skogsmark är avsatt för naturvårdsändamål. Där det är lämpligt lämnas skogen orörd, annars sköts bestånden med ambitionen att bibehålla eller utveckla naturvärdena.
I Uppland har naturvårdande skötsel utförts i syfte att främst gynna lövträdsanknuten biologisk mångfald. Bland annat har områden med gamla ekar röjts och gallrats för att gynna de gamla träden och alla arter av till exempel svampar, lavar, mossor och insekter som är beroende av den miljön.
Det finns många hotade arter som är helt beroende av brand och bränd skog för sin fortsatta överlevnad. Därför genomfördes sommaren 2016, i Skogsstyrelsens regi, en naturvårdsbränning på hela 62 ha på ön Brusen i Hudiksvalls skärgård.
Jordbruk
Naturmiljöarbetet bedrivs inom jordbruksförvaltningen dels indirekt genom att på olika sätt skapa incitament för en miljövänlig drift av arrendegårdarna, dels genom direkta åtgärder såsom installation av mer miljövänliga uppvärmningssystem och avloppsanläggningar.
I stiftet finns solcellsanläggningar på Skepptuna, Hagby och Sparrsätra arrendegårdar. De producerar tillsammans ca 200 000 kWh per år.
På Teda arrendegård i Enköping anlades 2019 en ca 20 x 100 meter stor fosfordamm. Syftet med fosfordammar är att motverka övergödning av våra sjöar och hav. Målsättningen är att fosforrena en avvattningsareal motsvarande stiftets innehav av jordbruksmark, dvs ungefär 5000 ha.
Våtmarker har anlagts på Skepptuna arrendegård i Fiby utanför Vänge där det finns en anläggning i gränslandet mellan jordbruk och skogsbruk. Syftet att gynna den biologiska mångfalden.
Moderna och miljövänliga biobränsleanläggningar eller värmepumpsanläggningar, i vissa fall i kombination med solvärme, finns idag installerade på merparten av stiftets arrendegårdar. Detsamma gäller moderna, miljögodkända avloppsanläggningar.
För att värna öppna hagmarker upplåts naturmiljövårdsavtal för hävd av värdefulla betes- och slåttermarker. Sådana upplåtelser finns bl a i Grängsjö och på ön Norrgället.