Johan Peringskiölds bild av Mörkö kyrka 1685.
Fru Ebba Grip bekostade en ombyggnad av kyrkan 1660, samma år som hon ärvde Hörningsholm.
Då byggde man om koret och kyrkans murar.
Samtidigt förnyades bänkinredningen och kyrkans dörrar.
Till 1600-talets nytillskott hörde antagligen också takryttaren (som togs bort 1764).
Nästa ombyggnad sker 1787 och kyrkan byggs om till korskyrka, dessutom får den ett nytt innertak, ett gipsat trävalv.
År 1841 byggdes i anslutning till södra korsarmen ett runt gravkor för familjen Bonde på Hörningsholm.
se ovanstående bild.
Före 1787 var predikstolen placerad på norra långhusväggen. Efter ombyggnaden syns det ett ovalt blått fält med ett citat ur
Matteus 23:23: ”Här är Gudz stol. Alt hvad herrans tienare biuda eder hålla, det håller och giörer”.
Predikstolen skänktes 1663 av Ebba Grip.
I nuvarande norra ingången sitter en dragring från 1600-talskaraktär, kanske en liten bevarad detalj från den stora ombyggnaden 1660.
Av stor betydelse för Mörkö kyrkas historia är godset Hörningsholm med anor från 1300-talet, vars ägare av tradition varit kyrkans patronus med rätt att bestämma över både kyrka och präst. Patronatsrättsinstitutet avskaffades formellt år 1921.
Socknens historia har skildrats utförligt av prosten C.U. Ekström i ”Beskrifvning öfver Mörkö socken i Södermanland, Stockholm 1828.
Vid renoveringen 1933 tillkom den nuvarande orgelläktaren och den slutna bänkinredningen.
Då renoveras också predikstolen av konservatorn Alfred Nilsson, som tog fram de ursprungliga färgerna under två lager övermålning.
Altarprydnaden är en oljemålning med motivet Kristus i Getsemane, flankerad av två kontursågade och trompe d'euilmålade figurer, föreställande Tron med kalk och kors respektive Hoppet med duva och ankare.
Tavlan målades av ritmästaren vid Uppsala akademi Johan Ahlberg år 1790 och skänktes i samband med kyrkans stora restaurering av byggherren Nils Bonde och hans hustru Anna Christina Fleming, vilka antagligen också var givare till de båda gustavianska nummertavlorna med årtalet 1793.
Dopfunten av gotländsk kalksten är från 1200-talet.
( Kyrkans enda medeltida inventarium.) Den restaurerades 1933.
Orgel . Kyrkans första orgel, med tio stämmor, byggdes dock redan 1789 av Jonas Ekengren i Stockholm. Dess fasad är fortfarande i behåll medan själva orgeln reparerades 1846 och byggdes om till tolv stämmor 1924. 1974 ersattes den av en helmekanisk Mariaorgel med niostämmor, fördelade på två manualer och pedal, byggd av Åkerman & Lund, Strängnäs.
Ljusredskap.
Över mittgången hänger tre gjutna mässingskronor.
Textilier.
Bland äldre textilier märks mässhake, altarkläde, kollekthav och bokdyna, sedermera omgjord till kalkduk, av blå fransk sidenbrokad. Hela denna utstyrsel skänktes juldagen 1750 av Magdalena Elisabet von Freyern och Nils Bonde, Hörningsholm.
Vidare finns en svart, silverbroderad mässhake med initialerna för Nils Bonde och Anna Christina Fleming samt årtalet 1812.
Gravminnen.
Kyrkans mest intressanta inventarium, ett praktfullt och högst ovanligt exemplar, är den stora kalkstenstumba, som nu är uppställd i södra korsarmen, men som före 1780-talets ombyggnad måste ha haft en betydligt mer framträdande placering, antagligen mitt i kyrkan.
Den är ett monument över riksrådet Mauritz Sture, död 1592, och hans hustru Anna Horn af Åminne.
Herr Mauritz var i egenskap av ägare till Hörningsholm också kyrkans patronus och det bör ha uppfattats som fullt naturligt att han gjorde Mörkö kyrka til sin gravkyrka.
Utsmyckningarna i relief framhävs av en numera något sliten bemålning. Långsidorna upptas av vardera sexton små anvapen, på den ena sidan herr Mauritz och på den andre Fru Annas. På den ena kortsidan syns en dekorativ komposition av rustningsdetaljer och på den andra, numera vänd mot en vägg och knappt synlig, finns makarnas vapenskölder. En inskription ovanpå tumban anger Mauritz Stures dödsdag till den 4 mars 1592. Däremot har den utsparade platsen för hustruns dödsdatum förblivit tom. Hon avled emellertid 1617.
I södra korsarmen är uppsatt ett praktfullt huvudbanér av snidat och målat trä till minne av en annan Hörningsholms ägare, överstelöjtnanten friherre Gustaf Carl Banér (1652 - 1697), begravd i kyrkan. Till detta hör två sk anträd för hans åtta fäderne- respektive möderneanor, vilka tillsammans med huvudbanéret fördes i den dödes begravningståg.
I norra korsarmen finns ytterligare ett huvudbanér, över en son till överstelöjtnanten. Det har följande inskrift: "Den Högwälborne och Nu Salige hoos Gudh unge Herre Hr Svante Gustafsson Banner Friherre till gamble Carleby Herre till Djursholm Hörningsholm Udden Kyhl och Östadh är född i Stockholm den 29 novembris (1683) och saligen afsomnad den 18 januari Anno 1684". Pojken blev alltså knappt två månader gammal.
Klockor.
På berget väster om kyrkan står klockstapeln som byggdes 1747. I et avseende är den högst ovanlig; den har aldrig klätts in och klockorna är som i äldre tid fullt synliga.
I klockstapeln hänger två klockor, av vilka storklockan troligen är från 1500-talets början. Dess inskrift på lågtyska lyder i översättning:
"Hjälp Gud vad vi begynna / Att gott slut det må vinna!".
Dessutom finns på klockan elva apostlafigurer i relief samt fem avtryck av sigillet för S:t Göransgillet i Stockholm.
Enligt lillklockans latinska inskription har Elsa Elisabeth Banér till Hörningsholm låtit gjuta den 1742 hos Johan Fahlsten i Stockholm.