Vid restaurering av Kulltorps kyrka 1967-68 hittades mynt som var präglade med Erik Eriksson den läspe och halte (1222-1229, 1234-1250), vilket bekräftar kyrkans medeltida ursprung. De flesta mynt som hittades fanns i hörnet vid gamla långhusets övergång till koravdelning väster om nuvarande dörr till sakristian. Därför borde med stor sannolikhet kyrkan varit uppförd före år 1250.
1564 lämnade danskarna Kulltorps kyrka i ruin. Kyrkan reparerades och var åter i användning 1580. Danskarna återkom enligt tradition 1612 och brände ner kyrkan igen. Återigen byggdes kyrkan upp och stod klar 1642.
Kulltorps kyrka har genom århundraden genomgått flera tillbyggnader och restaureringar. Annandag påsk 1968 återinvigdes Kulltorps kyrka efter den senaste stora restaureringen som gav kyrkan sin nuvarande utformning.