Klosterhuset är ett av Sveriges få helt bevarade klosterbyggnader, ett ståtligt stenmagasin från 1200-talets andra hälft. De fyra rundbågiga portalerna på östra sidan har lett in till de två stora salarna med kryssvalv. Sannolikt har huset byggts i samband med klostrets renovering efter en förödande brand på 1240-talet.
Klostret återinvigdes 1289, i närvaro av kung Magnus Ladulås och drottning Helvig. Förmodligen stod Klosterhuset klart vid denna tidpunkt. Huset har säkerligen fungerat som magasin för klostrets värdefulla tillgångar, spannmål och
andra naturalier.
Klostrets ekonomi grundades på ett antal gårdar och gods, som levererade sina produkter, sin avrad (arrende) till klostret. I området fanns klostrets ekonomiområde.
I samband med ledningsdragningar inför det planerade besökscentrumet hösten 2017 upptäcktes en rad murade grunder till ytterligare ett antal byggnader som kom fram i de smala schakten. Det rör sig om flera hittills okända medeltida byggnader, säkerligen delar i klostrets ekonomiområde.
Efter reformationen 1527 fick Vreta fortsätta som kloster en tid, under den inflytelserika abbedissan Sigrid Botolfsdotter, men de sista systrarna dog 1582. Klosterhuset har säkert fortsatt att användas som magasin för prästgården. Invid parkeringen hittades 2017 ytterligare husgrunder från tiden efter reformationen.
I början av 1800-talet har huset renoverats och fungerat som magasin i samband med byggandet av Göta kanal. Då sattes portalerna igen och stora öppningar på husets kortsida togs upp. Klosterhuset renoverades på 1920-talet och här inrymdes en utställning med arkitekturfragment från utgrävningen av klosterområdet. Men stenhuset har länge framstått som en solitär, en byggnad långt från klosterområdet vid kyrkan. Under lång tid har byggnaden sovit en törnrosasömn.
Lämningarna efter det medeltida klostrets ekonomiområde väntar på att få undersökas och utforskas. Vi kan konstatera att klostrens roll som storhushåll och plats för produktion än så länge är litet känt, särskilt när det gäller kvinnliga kloster i Sverige. Under gräsmattan framför Klosterhuset väntar en helt ny historia på att få öppna sig och berätta ojm klostrets vardagsliv.