Att Hällesjö haft en egen kyrka sedan medeltiden är bekräftat då man 1314 förekommer en förteckning om erlagd sexårsgärd till Uppsala. Rotakyl cum anexa heter det, och annexet är Håsjö. Man kan också se i gamla skrifter att Hällesjö och Håsjö socknar tillsammans benämnes Kälarne. Kälarne är således ett gammalt samlingsnamn för hela trakten. Namnet Rotakyl eller det mer folkliga Rotakäl var alltså socknens namn fram till åtminstone tiden för digerdöden. Namnets stavning har varierat lite; Rotakyl, Rotakil, Rothakiael eller Rotakäl.
Om den äldre kyrkan vet man att den var byggd i sten med gavelrösten av trä. Det finns ett gammalt kort taget av kyrkan strax innan den revs. Kyrkan var mycket enkel och saknade kor, sakristia och vapenhus. Den hade 14 små bänkar där alla hade sin givna plats, för barn fanns ingen plats att sitta, de måste stå. Vad gäller pojkarna står det ”I choret skola gossarna stå och wänia sig med sången”. Denna kyrka revs 1873. Man ansåg sig inte ha råd att underhålla 2 kyrkor. Det finns även forskare som tror att det före den lilla stenkyrkan ska ha funnits ett enkelt kapell i trä. Av den gamla kyrkans interiör finns en del bevarat. Till exempel den gamla altartavlan från 1686. Den köptes i Hudiksvall och forslades till Hällesjö med häst och släde. Den sitter numer att beskåda under läktaren på norra väggen. Som kuriosa kan nämnas att vid inventering den 13 januari 1689 låg ett björnskinn på altarpallen. Detta bruk att lägga ett björnskinn på pallen framför altaret går tillbaka till ännu äldre tiders folktro om att lägga naturen under gudsmakterna. Av de gamla inventarierna finns ett triumfkrucifix, 1500-tal, ett gammalt rökelsekar, St Rochus helgonbild samt den tidigare nämnda altartavlan. St Rochus förvaras numer på länsmuseet, han ansågs ge skydd mot pesten. Från 1600-talet finns förvarat också på länsmuseet en predikstol i plattskärningsteknik från den gamla kyrkan. En altaruppsättning från 1747 står uppställd i församlingshemmet. Den är påfallande lik Frösö kyrkas altaruppsättning från samma århundrade.
Klockstapeln bör också nämnas, den ståtliga stapel som idag står på kyrkbacken uppfördes 1781 med samme byggmästare som något år tidigare gjort stapeln vid Håsjö gamla kyrka. Medan Håsjöstapeln anses som den nättaste av Pål Perssons byggen brukar sägas att Hällesjö stapeln är den ståtligaste. Hans staplar känns igen på den åttkantiga formen och de lökformade kupolerna. Att det funnits stapel före Pål Perssons bygge vet man av inventarieförteckning från år 1689. Där nämns ”1 st. klåcka, medelmåttigt stoor med skiönt liud”. Under 1700-talet blev kyrkan för liten och man började planera för en utvidgning eller tillbyggnad av den gamla kyrkan.