Efter frigivningen och återkomsten till Sverige blev Gyllenhjelm rikligt belönad för uthållighet och trofasthet under fångenskapen av den nye kungen, Gustaf II Adolf, Gyllenhjelms egen halvbror. Han blev friherre vid Sundbyholms slott utanför Eskilstuna och Karlbergs slott utanför Stockholm. Senare även fältmarskalk, riksråd och riksamiral.
Han gifter sig med Kristina Ribbing och får tillsammans med henne ett visserligen barnlöst men av allt att döma mycket kärleksfullt äktenskap. Makarna var djupt fästade vid varandra och samarbetade i det mesta.
Vid sidan av allt annat fortsätter han även sin teologiska gärning. Skriver ett antal psalmer, ger ut teologiska böcker och lägger grund för mycket av det som senare kommer att bli Svenska kyrkans diakonala verksamhet.
Tillsammans med sin hustru startar han också landets första folkskola. Unik i sin inte bara för att man tog emot barn ur alla samhällsklasser utan också välkomnade såväl flickor som pojkar. Varje dag sände makarna på egen bekostnad en tunna soppa till skolan. Därmed kan man säga att de också startade landets första skolbespisning.
Hans sista insats som riksamiral blev att frakta hem kung Gustaf Adolfs lik från Lützen. Vid ankomsten till Stockholm togs följet emot av kungens 6-åriga dotter Kristina – Gyllenhjelms brorsdotter, som senare skulle bli Drottning Kristina av Sverige.
Gyllenhjelm var då en gammal man. 59 år var nästan dubbla medellivslängden på den tiden och rimligen kunde han inte tro annat än att hans officiella liv var över. Tanken att han skulle spela roll för den blivande drottning Kristina, som gråtande stod på slottsbacken och emot sin fars kista, kan knappast ha förespeglat honom. Än mindre att han skulle ha hela 17 år kvar i livet.
Men så blev det. Runt Kristina kulminerade maktspelet i förmyndarregeringen och eftersom hon också tidigt isolerades från sin mor fanns knappast någon som erbjöd henne den osjälviska kärleksfulla omtanke som ett litet barn mitt i maktcentrum behöver.
Förutom Gyllenhjelm, vill säga. På grund av sin ålder var han inte indragen i maktstriderna och därmed ofarlig för de flesta. I kombination med hans omtalade familjekänsla – och möjligen också paret Gyllenhjelms egen barnlöshet – blev de idealiska för rollen som skyddande och tröstande, stabila föräldragestalter för den utsatta Kristina.
Hur väl Gyllenhjelm fyllde den funktionen märktes inte minst vid hans begravning 1651. Drottningen var då 25 år och sedan flera år landets styrande regent. För att ära Gyllenhjelm ställde hon upp den största och ståtligaste begravningsprocession Strängnäs någonsin hade sett. Till och med ståtligare än den som hans far, kung Karl IX fick medan Gyllenhjelm satt fångad i Polen.
För att allt detta skulle bli möjligt köpte änkan Kristina Ribbing flera tomter nedanför kyrkan och lät riva det gytter av småhus som hade vuxit upp där. Detta för att kunna anlägga den paradgata upp mot kyrkan som begravningståget skulle ta. Den gatan heter än idag Gyllenhjelmsgatan och mycket troligt den väg även du själv tog för att komma till kyrkan idag.
1651 var gatan fylld med musikanter med pukor och trumpeter, ryttare och fotsoldater följda av biskopen, lokala dignitärer samt riddare.
Tjugo höga sjöofficerare bar Gyllenhjelms kista och efter dem red kronprins Carl Gustav i spetsen för rikets herrar. Änkedrottning Maria Eleonora och drottning Christina satt i varsin vagn och därpå ytterligare 45 vagnar med olika dignitärer. Allra sist, i enlighet med den dödes önskan, bars de fotbojor som Gyllenhjelm burit under fångenskapen i Polen,av hans häst.
Gyllenhjelm blev 76 år – en för tiden närmast extremt hög ålder. En from och ödmjuk man, med utpräglad ansvarskänsla för sina medmänniskor, som en känd svensk historiker har beskrivit honom.
Själv skulle Gyllenhjelm nog bli blyg inför ett sådant eftermäle. För trots vad man kan tro när man ser det magnifika gravmonument som skapades åt honom, hade han i livet sällan några särskilt höga idéer om sig själv.
Jag har intet annat att berömma mig över, än den Guds innerliga barmhärtighet som vederfarits mig för Jesu Kristi, min frälsares, skull, som han uttryckte det i en av sina böcker.