Kansliet ligger vid strax intill domkyrkan vid Skoltorget i Skara. Här har kyrkan haft sina lokaler sedan 1200-talet även om nuvarande byggnader är av yngre datum.
Kansliet är indelat i flera avdelningar: avdelningen för främjande och utveckling, samverkan och organisation, egendomsavdelningen, avdelningen för stöd och service samt stiftsdirektorns stab. Utöver dessa finns även stiftsgårdarna Flämslätt och Skara stifts själavårdsinstitut Lilleskog.
På avdelningarna för främjande och utveckling samt samverkan och organisation står församlingskontakter i fokus på olika sätt, inte minst genom Vägen vidare. Kurser och kompetensutveckling, inspirationsdagar och olika arrangemang finns på programmet men också en rad projekt där man ofta arbetar tillsammans med företrädare för pastoraten.
Egendomsavdelningen har hand om förvaltningen av kyrkans egendom i form av skog, jord och värdepapper. Som förvaltare av stora arealer skog och mark har egendomsavdelningen också ett särskilt ansvar för natur- och miljövård.
Avdelningen för stöd och service sysslar med bland annat juridiska frågor, IT och telefoni samt fastigheter.