Läktarorgeln
S:t Johannes kyrkas första läktarorgel byggdes 1907 av den då ledande, svenska orgelfirman Åkerman & Lund. Den hade 27 stämmor fördelade på två manualer och pedal. Denna orgel höll en omvittnat hög kvalitet, men var inte så imponerande stor, för ett rum av S:t Johannes kyrkas storlek.
Ny orgel i annan stil
1957 byggdes ett nytt instrument av den holländska firman Flentrop. Den orgeln blev större, men byggdes i en annan stil, mer influerad av barockens ideal. Man återanvände en hel del av det gamla Åkermanmaterialet, men helheten blev inte alltigenom lyckad; de romantiska stämmorna passade inte riktigt i den nya barockorgeln. Orgelfasaden behölls i princip, men arbetades delvis om, för att mer likna en barockorgel.
Fler stämmor och restaurering av 1907 års orgel
Sensommaren 2008 stod den nuvarande orgeln klar. Det var återigen Åkerman & Lund som byggde, denna gång med utgångspunkt från vad som var bevarat av 1907 års orgel. Fasaden återställdes och de ursprungliga stämmorna återanvändes. Man använde sig också av äldre pipmaterial från två andra, nedmonterade Åkermanorglar från tiden kring sekelskiftet 1900, dels orgeln från Ebenezerkyrkan i Luleå byggd 1921, dels den gamla orgeln i Lycksele kyrka som innehåller material från både 1880 och 1938. Orgeln utvidgades till 59 stämmor (varav två transmissioner).
Franska influenser
Åkermanorglarna från slutet av 1800-talet var influerade av den tidens franska orglar. I den nya orgeln från 2008 lät man de franska dragen träda fram ytterligare. Flera av orgelns nya stämmor, bland annat flera rörverk, är konstruerade med den store, franske orgelbyggaren Aristid Cavaillé-Colls motsvarande stämmor som förebild. Resultatet har blivit en romantisk orgel, där den franska stilens styrka och orkestrala klang blandas med den svenska romantikens strykande och skönklingande ideal.
2008 års orgelbygge möjliggjordes genom ett mycket generöst bidrag från Malmö Förskönings- och Planteringsförening.
Ta en rundtur bakom den stora orgeln