Kyrkofullmäktige
Kyrkofullmäktige är pastoratets högsta beslutande organ och väljs direkt via kyrkovalet. Fullmäktige beslutar i principiella ärenden och andra ärenden av större vikt, exempelvis mål och riktlinjer, budget, kyrko- och begravningsavgift.
Kyrkorådet
Kyrkorådet är Malmö pastorats styrelse och dess ledamöter utses av kyrkofullmäktige. Kyrkorådet förbereder och verkställer kyrkofullmäktiges beslut och styr tillsammans med kyrkoherden pastoratet.
Kirsebergskyrkan ingår i Husie församlingsråd
Kirsebergskyrkan tillhör Husie församling som är en av sex församlingar i det som kallas Malmö pastorat. I ett pastorat ska det finnas ett församlingsråd för varje församling. Församlingsrådet har till uppgift att fatta beslut som berör den lokala kyrkan. I Malmö har församlingsrådet dock delegerat detta ansvar till verksamhetsråd för varje kyrka.
Ledamöter väljs vid kyrkovalet
Församlingsrådets ledamöter väljs i samband med kyrkovalet. Vem som helst som bor i församlingen kan nominera en person till sitt församlingsråd. Den nominerade behöver inte tillhöra en nomineringsgrupp, det vill säga en grupp som ställt upp i kyrkovalet. Kirsebergskyrkan ingår i Husie församlingsråd som leds av ordförande Ann-Marie Persson.