Nationell nivå - Två sammanträden per år är offentliga.
Kyrkomötet
Kyrkans högsta beslutande organ. Väljs direkt i kyrkovalet. Består av 251 ledamöter varav 2 ledamöter väljs av utlandskyrkan i indirekta val.
Utskott
Kyrkomötets beslut bereds i 8 utskott bestående av 15 ledamöter och 15 ersättare.
Kyrkostyrelsen
Utses av kyrkomötet. Kyrkans "regering" som ansvarar för all övergripande verksamhet. Ärkesbiskopen är ordförande. 14 övriga ledmöter.
Rikskyrkliga råd/flera rikskyrkliga råd kan tillkomma
Utses av kyrkostyrelsen
- Rådet för Svenska kyrkan i utlandet
 - Samiska rådet i Svenska kyrkan
 - Kapitalförvaltningsrådet
 - Internationella rådet
 - Musikråd
 
Biskopsmötet
Består av alla 14 biskoparna. Ordförande är ärkebiskopen. Innan kyrkostyrelsen fattar viktiga teologiska beslut ska biskopsmötet yttra sig i frågan.
 Tillsynsorgan
Kyrkomötet utser nämnder som är tillsynsorgan. 
- Valprövningsnämnden (7 ledmöter/7 ersättare)
 - Överklagandenämnden (5 ledamöter/5 ersättare)
 - Ansvarsnämnden ( 4 ledamöter/4 ersättare)
 - Arvodesnämnden (5 ordinarie/5 ersättare)
 
Läronämnden
Ska yttra sig innan kyrkomötet fattar beslut i lärofrågor. För att gå emot läronämnden måste kyrkomötet fatta två beslut, med tre fjärdedelars majoritet, med ett kyrkoval mellan besluten. Ärkebiskopen är ordförande, de 13 andra biskoparna är med samt 8 ledamöter som utses av kyrkomötet. 
Kansliorganisation
I kyrkokansliet i Uppsala finns kyrkostyrelsens sekretariat. Olika avdelningar som lyder under styrelsen samt ärkebiskopens kansli. 
Arbetsgivarorganisationen som är en arbetsgivar- och serviceorganisation som enligt kyrkoordningen företräder församlingar, pastorat och stift i kollektivavtalsfrågor, t ex lönesättning för biskopar. Företräder de kyrkliga arbetsgivarna i arbetsrättsliga tvister.