Göteborgs domkyrkopastorat består av sex församlingar och styrs av ett gemensamt kyrkofullmäktige och kyrkoråd. Kyrkofullmäktige beslutar om pastoratets övergripande mål och verksamhet, kyrkorådet fungerar som pastoratets styrelse. Domprosten Stefan Hiller ingår i kyrkorådet och har det övergripande ansvaret för pastoratets verksamhet och administration.
Varje församling har också ett eget församlingsråd, som bland annat arbetar med utvecklingen av gudstjänster.