Kyrkofullmäktige, stiftsfullmäktige och Kyrkomötet styr kyrkans verksamhet. Här fattar man beslut om vilken inriktning verksamheten ska ha och hur resurserna ska fördelas och användas. De väljer också kyrkoråd, stiftsstyrelse och kyrkostyrelse som tillsammans med kyrkoherde eller biskop har ansvar för att demokratiska beslut följs.
Kyrkofullmäktige bestämmer ramarna för Domkyrkopastoratet, till exempel vilken verksamhet för barn och unga som ska finnas i församlingarna eller hur kör- och konsertverksamheten ska se ut.
Stiftets främsta uppgift är att stödja församlingarna, och här finns expertis inom flera områden. Stiftet kan till exempel bidra med kunskap i kyrkoantikvariska frågor när en kyrka inom stiftet behöver renoveras.
Kyrkomötet är Svenska kyrkan högsta beslutande organ med 251 ledamöter. Det beslutar om kyrkans gemensamma och övergripande frågor. Kyrkomötet behandlar också frågor som hur kyrkan ska arbeta med klimatfrågan och vilka psalmer som ska finnas i psalmboken.
Till Domkyrkopastoratet hör sex församlingar, Domkyrkoförsamlingen, Haga, Vasa, Annedals och Johannebergs församlingar samt Tyska Christinae församling.