Haydn var 63 år gammal när han återvände till Wien efter sitt andra gästspel i England. Trots sina tidigare framgångar kände han sig motiverad att fortsätta skapa och utforska nya områden. Han övergav symfonin och stråkkvartetten och började istället fokusera på stora körverk. Under denna period komponerade han det storslagna mästerverket Skapelsen, ett oratorium från 1796–1798 som blev en enorm framgång. Han komponerade även några av sina främsta mässor under denna sena period.
Haydn hade tidigare skrivit oratorier i den italienska stilen, och efter att ha hört Händels verk Messias och Israel i Egypten under en stor Händelkonsert i London blev han djupt berörd. Han hade med sig en engelsk oratorietext i Händels stil, baserad på Miltons Paradise Lost (Det förlorade paradiset), och efter mycket tvekan beslutade han sig för att tonsätta den själv. Baron van Swieten, en entusiastisk Händelbeundrare, översatte texten till tyska för Haydn.