Orgelfasaden
Inför Gustaf IIIs kröning 1771 byggdes en provisorisk orgelläktare och extraläktare bredvid södra och norra läktaren. För att få plats med så mycket folk som möjligt byggdes läktarna i hela kyrkans längd. Dessa provisoria var kvar i kyrkan efter kröningen och efter förfrågan till hovet fick församlingen materialet som återanvändes för den nya orgelläktaren. Orgelläktarens balustrad och orgelfasaden är ritade av ark. Erik Palmstedt, snickare Dahlén och bildhuggare Kempe 1787.
Dagens orgelverk
Orgelverket som idag döljer sig innanför 1787 års orgelfasad är tillverkat 1960 av firma Marcussen & Son i Aabenra, Danmark. Orgeln är helmekanisk, har 54 stämmor fördelade på 4 manualer och pedal.
De fyra manualerna: Ryggpositiv, Huvudverk, Svällverk, Bröstverk och Pedalverk. Ryggpositivet är utlyft ur själva orgeln och är placerat i framkant av orgelläktaren.
Historiska orgelverk
1498 byggdes en stor ny orgel i Storkyrkan. Kanske skadades den under oroligheterna 1520
(blodbad m.m.) och 1530 beslutade församlingen att skaffa en ny orgel "in nova mensura". Från denna tid har församlingen två organister i tjänst. 1589 får vi en ny orgel igen och den gamla tas till Själagårdsgatans gillestuga. Sveriges storhetstid krävde storartad kyrkomusik och körsång. 1627 börjar ett stort orgelbygge som avslutas först 21 år senare. Man beställer ett orgelverk från Frauenburg i Ost Preussen (som den svenska hären och Salvius intagit samma år!). Orgelbyggare Michel sätter upp det. Detta orgelverk hade 51 stämmor.
1629 anställdes för första gången en kantor för att få ordning på gosskören – hittills sades de endast kunna "råma discant". Redan på 1629 är orgeln så dålig att den måste renoveras och 1632 börjar George Herman och Philip Eijsenmenger att arbeta med kyrkans orgel (kanske är det t o m ett helt nytt orgelverk).
1698 är det dags igen med ny orgel av orgelbyggare Georg Wietzig. Framför orgeln byggdes en estrad för musikanter och sångare.
1772 skrivs kontrakt med orgelbyggare Olof Schwan, och församlingen arbetar hårt för att samla ihop till ny orgel i Storkyrkan. Troligen fortsatte man att arbeta på detta orgelverk fram till 1796. Det är nu som orgelfasaden och orgelläktaren byggs 1787 ritade av ark. Erik Palmstedt, snickare Dahlén och bildhuggare Kempe.
1878 byggs ett orgelverk av firma Åkerman och Lund som var Sveriges näst största, näst orgeln i Uppsala Domkyrka