Skällviks pastorat omfattade ursprungligen Skällvik med S:t Anna som annex ända till 1868, då de bildade eget pastorat. År 1918 blev Skällvik annex till Mogata.
Skällviks kyrka är byggd på pålar på en låglänt del av Slätbakens södra strand. Det nära grannskapet till Stegeborg har under gångna sekler varit av stor betydelse. Flera av slottets kungliga och furstliga innehavare ha ägnat kyrkan stort intresse. Från första hälften av 1300-talet härstammer den 15,7 m breda och 28,5 m långa, till planen rektangulära långhuskyrka, vars yttermurar av gråsten vid en ombyggnad på 1590-talet med sänkt höjd kommo att utnyttjas till att ingå i den nuvarande kyrkan. Från denna äldre kyrka härröra de i yttermurarna synliga spåren efter igensatta fönster och portaler samt östra gavelns upptill stympade, rika tegelorneringar, s.k. blinderingar, där de tre korsen på Golgata äro huvudmotiv. Den kyrka, som de bevarade partierna vittna om, tillhör en av arkitekturen i Mecklenburg och Pommern påverkad typ av kyrkor, som under 1300- och 1400-talen hade sin blomstring i Egentliga Finland, Nyland och Östergötland. Kyrkorummets form var rektangulär utan markerat kor. Murarna voro av gråsten med tegelornerade trappstegsgavlar. Yttertaket bestod i allmänhet av ett brant sadeltak. Såsom förebildliga för landskyrkorna i Östergötland torde stadskyrkorna i Skänninge och Söderköping kunna betraktas. Med blinderingarna på dessa ha de på Skällviks kyrka stora likheter.
Den italienska renässansarkitekturens strävan efter att låta kyrkobyggnadens skilda delar samverka till betonandet av det centrala partiet har i Skällviks kyrka en nordisk avläggare. Det är Johan III, som låtit tillämpa dessa på kontinenten aktuella stilströmningarna vid den åren 1590-93 företagna ombyggnaden av kyrkan. Till planen förändrades den gotiska kyrkans mot altaret i öster inriktade långhuskyrkan till en mot centrum orienterad centralkyrka. Detta skedde genom att den äldre kyrkans rektangulära grundform uppdelades av fyra pelare med därifrån utgående murar i ett brett kors med parvis lika korsarmar. Planens centrala parti blir på så sätt korsarmarnas skärningspunkt - den kvadratiska korsmitten.
Den 12 meter höga korsmitten är försedd med kryssvalv. De från korsmitten utgående fyra korsarmarna äro täckta av lägre tunnvalv. De i sin tur karsarmarna underordnade sidokapellen, belägna i kyrkans fyra hörn, öppna sig med låga tunnvalv mot östra och västra korsarmarna. Så uppstår i interiören en dubbel tvåklang, bestående av dels sidokapells stödjande flankering av korsarmar, dels korsarmars motsvarande funktion gentemot korsmitt.I exteriören återkommer denna tvåklang i tre gradvis ökande steg, där låga sidokapellmurars flankering av korsarmars murar upprepas i det bakomliggande planet i klerestorieväggars förhållande till tornets nedre väggar och kulminerar i byggnadskroppens förhållande till korsmitt och det därpå resta höga smäckra tornet.
Denna nordiska återspegling av den italienska renässansens centralkyrkoideal överensstämmer i stora drag till sin arkitektoniska indelning med Badian i Fiesole i Italien med vilken den har gemensamt, förutom anordningar med högvälvd korsmitt och tunnvalvstäckta korsarmar och sidokapell, en avsiktlig maskering av de fyra mittpelarnas tyngd och storlek. Detta har skett därigenom, att större delen av pelarna ge sken av att ingå i korsarmarnas sidomurar, varigenom pelarnas smala, eleganta resaliter ensamma synas uppbära mittvalvet. Trots dessa likheter ge de båda kyrkorna skilda intryck på grund av deras olika proportioner. I Skällviks kyrka ha kyrkorummets olika delar ej tillnärmelsevis den höjd i förhållande till bredden som förhållandet är i Badian i Fiesole. Att interiören ändå ej ger ett tungt intryck, är till stor del beroende av fönsternas i korsarmarna höga och spetsbågiga form samt av det starka ljus kyrkans femton fönster förmedla åt kyrkorummet.
Även sakristian med sina gråstensmurar torde fått sin nuvarande kvadratiska form i samband med denna kyrkans ombyggnad. Det i kyrkorummets mur inbakade tunnvalvet, som i förhållande till sakristian är oregelbundet placerat, är förmodligen en reminiscens av den medeltida sakristian.
Andra kyrkobyggnader i Sverige från 1500-talet med påverkan av renässansarkitektur äro Vadstena och Uppsala slottskyrkor, S:ta Klara, S:ta Maria och Jacobs kyrkor i Stockholm, men ingenstädes kommer den klarare till uttryck än i Skällviks kyrka. Såsom förebådare av centralkyrkan, den kyrkoform, som i Sverige först mot mitten av 1600-talet kom att ersätta senmedeltida kyrkotyper, har Skällviks kyrka en given betydelse.
Under mitten av 1700-talet tillkom det i förhållande till kyrkan oskönt utformade och placerade vapenhuset. Klockstapeln, en inklädd klockbock, fick sin nuvarande form vid en grundlig ombyggnad år 1754. Av dess två klockor är den från år 1492 omgjuten år 1792 av Anders Billsten i Norrköping och lillklockan först omgjuten år 1771 av Elias Anell i Norrköping och senare år 1927 av M. och O. Ohlsson i Ystad. Ursprungligen hängde den senare i kyrkotornet, där den omtalas år 1703. Förändringar av kyrkan under de närmast tre föregående seklen voro huvudsakligen av underhållsmässig karaktär, som i allmänhet mer tog hänsyn till det praktiska än det estetiska.Vid en år 1956 företagen restaurering av kyrkan under professor E. Lundbergs ledning återställdes igenmurade fönster, omlagda takfall och andra förändringar av renässanskyrkan till ursprungligt skick. I samband därmed bekläddes torn och tak med koppar samt avlägsnades yttermurarnas tjocka putslager, vilket ersattes med en tunn slamning. I interiören framtogs några rester av kalkmålningar av 1500-talskaraktär. Orgeln är en gåva till kyrkan från överste Werner Detlof von Schwerin.
Den är utförd 1762 av Jonas Wistenius i Linköping och kostade då 3000 riksdaler kopparmynt. Ursprungligen hade verket åtta stämmor med kort oktav i basen och med den grövsta trumpeten av metall. Den restaurerades 1963.
(Ur SKÄLLVIKS KYRKA av Arne Danielsson, Linköping 1992)