Någon gång efter mitten av 1400-talet byggdes kyrkan till. Det gamla koret revs, och det som finns kvar än idag byggdes. Samtidigt vidgade man triumfbågen. De nya målningarna kom förmodligen till ganska snart efter nybygget, och återigen blev det blev både abstrakta dekorationer och en mängd figurer. Här ett exempel på hur dekorationerna i denna del av kyrkan är gjorda:
Precis som när det gäller målningarna i långhuset så svävar man i ovisshet om vem som var upphovsman. En sak är säker, det kan inte ha varit samma person som den som målade långhuset. Inte minst förstår man det av att kormålningarna är så annorlunda i stilen mot Elia och Elishabilderna.
Det finns målningar på andra håll i landet som påminner mycket om de i koret i Spånga kyrka. De tillhör alla vad man brukar kalla Strängnässkolan. Namnet kommer sig av att det bästa och finaste exemplet är några målningar som finns i koret i Strängnäs domkyrka. Men om målaren eller målarna vet man alltså ingenting.
Det finns dock några ledtrådar som antyder lite mer exakt när målningarna kan ha kommit till. Den ena ledtråden är en bild av helgonet Sankt Bernhardinus som finns målad på en av väggarna. Bernhardinus var en munk som levde mellan år 1380 och 1440, och helgonförklarades år 1450. Alltså måste det rimligen ha varit efter den tidpunkten som målningarna gjordes.
Den andra ledtråden är ett släktvapen gjort av glas som suttit infattat i ett av kyrkfönstren, och en stol märkt med samma symbol. Både stolen och glasvapnet är försvunna numera, men man vet att de hörde till adelssläkten Oxenstierna, närmare bestämt till en person som hette Jöns Bengtsson Oxenstierna. Han var ärkebiskop mellan åren 1448 och 1467. Att dekorera kyrkan med hans släktvapen var ett sätt att tala om att det var under hans tid som ärkebiskop som kyrkan förskönades. Så här såg glasvapnet ut enligt en teckning som gjordes på 1680-talet, när det fortfarande satt kvar infattat i kyrkfönstret: