Cecilia Bachér föddes den 18 juni 1866 i Stockholm i en konstnärligt präglad familj, samma dag som Nationalmuseum invigdes. Hennes far var Johan Christoffer Boklund, hovintendent och direktör för Konstakademien, vilket innebar att hon tidigt växte upp i en miljö där konst och estetik var en självklar del av vardagen. Denna bakgrund kom att påverka hennes yrkesval och konstnärliga utveckling.
Hon började sin utbildning i konst hos sin far och fortsatte därefter vid Tekniska skolan i Stockholm, som senare kom att bli Konstfack. För att fördjupa sina kunskaper studerade hon även vid Kerstin Cardons målarskola. Under en period samarbetade hon med sin syster Thyra Grafström, men Cecilia Bachér kom efter hand att specialisera sig allt mer på glasmålning, ett konstområde som under slutet av 1800-talet fick ett uppsving i samband med nybyggnation och restaurering av kyrkor.
Mellan åren 1887 och 1891 fick hon tre stipendier av Kommerskollegium för att studera glasmåleri utomlands. Hon reste bland annat till München där hon studerade för konstnären C. de Boucher. De internationella studierna gav henne tekniska och stilistiska kunskaper som hon senare kunde använda i sina kyrkliga uppdrag. År 1893 deltog hon också i världsutställningen i Chicago, World’s Columbian Exposition, där hennes arbeten belönades med medalj. Detta visar att hennes konstnärskap uppmärksammades även utanför Sverige.
I Gustaf Adolfskyrkan utförde Cecilia Bachér de spetsbågiga fönstren i kyrkans norra och södra sida. Fönstren gjordes efter skisser av kyrkans arkitekt Carl Möller, men det var Bachér som genom sitt hantverk och sin konstnärliga känsla gav glaset dess färg, uttryck och detaljrikedom. Motiven i fönstren knyter an till svensk historia och militär tradition. De avbildar svenska kungar, historiska slag och olika kompanimärken. På så sätt fungerar fönstren både som konstverk och som berättelser i glas om Sveriges historia.
Glasmålningarna fyller flera funktioner i kyrkorummet. De skapar ett färgat ljus som förändrar stämningen i rummet och samtidigt förmedlar historiska och symboliska motiv. Cecilia Bachéra arbete i Gustaf Adolfskyrkan visar hur kyrklig konst vid denna tid ofta knöt samman religiösa rum med nationell identitet och historiska berättelser.
Utöver arbetet i Gustaf Adolfskyrkan utförde Cecilia Bachér också glasmålningar i Johanneskyrkan i Stockholm. Hon var alltså en av de kvinnor som under slutet av 1800-talet och början av 1900-talet lyckades etablera sig inom ett konstnärligt område som länge dominerats av män.
Cecilia Bachér levde större delen av sitt liv i Stockholm. Hon var gift med bankkamreraren Nils Fredrik Bachér. Hon avled den 18 januari 1942 och är begravd på Solna kyrkogård. Hennes glasmålningar finns dock kvar i kyrkorummen och fortsätter att prägla den visuella upplevelsen av de kyrkor där hon arbetade, inte minst i Gustaf Adolfskyrkan där hennes fönster fortfarande berättar historia genom färgat glas.