Eggvena kyrka byggdes under tidig medeltid, möjligen redan på 1100-talet. Från den tiden är i alla fall det processionskors i brons som kyrkan har i sin ägo.
På 1700-talet utvidgades kyrkan åt öster och väster. Den gamla klockstapeln ersattes då av det låga trätornet.
1936 sattes den tidigare altartavlan, skuren i trä på 1700-talet, på plats igen efter att ha hittats på kyrkvinden. Samtidigt flyttades 1200-tals-dopfunten fram efter att ha tjänstgjort som fot till predikstolen.
En stor renovering gjordes på 1950-talet och även 2008-2009, då trägolvet togs bort och ersattes med sten från originalgolvet och natursten från Kinnekulle. Kyrkan målades då också om invändigt.