Skärstad kyrkogård har medeltida ursprung då den första kyrkan på platsen uppfördes på 1200-talet. Inga närmare uppgifter finns om denna kyrka förutom att den revs någon gång under 1400-talet då en ny kyrka uppfördes. Det är osäkert exakt när men uppgifter finnsom att kyrkan målades 1480. Denna kyrka låg på samma plats som den nuvarande men i rakare öst-västlig utsträckning. Kyrkogården var förmodligen vid den här tiden en rektangulär plan runt själva kyrkobyggnanden. En klockstapel uppfördes i närheten av kyrkan men inga uppgifter finns om när detta skedde, det är först 1811 som klockstapeln nämns och då i sammmanhanget att den var i så dåligt skicka att man beslöt att låsa den för att ingen olycka skulle ske. Virket i stapeln användes 1813 till att uppföra en provisorisk klockstapel i väntan på att en ny kyrka skulle byggas samt en materialbod för förvaring av virket till den nya kyrkan. 1817 började så byggnationen av den nya kyrkan efter ritningar av länsbyggmästare Johan Holmberg. Kyrkogården verkar ha haft ungefär samma utformning ända fram till 1925 då den utvidgades mot nordväst och en stödmur i sten byggdes längs den nya utvidgningen. 1964 påkallade platsbristen på kyrkogården återigen en utvidgning, även denna gång åt nordväst. Den större delen av nya kyrkogården hade ännu inte tagits i bruk 1971 då den sätlldes i ordning efter ritningar av trädgårdsingenjörerna Melker Fredbrant och Ture Holgersson.
2001 fick man tillstånd att handikappanpassa östra ingången på gamla kyrkogården och huvudgången på nya kyrkogården.