Efter den nuvarande kyrkans invigning 1702 övergavs träkyrkan. Byggnaden användes därefter som magasin och förföll. 1714 klagar rådmannen Gislou Pijhlgard över att ”Kiulet” helt och hållet ramlade ner och stals. År 1716 begär fästningskommendanten Balzar von Drowes av staden en annan förvaringsplats för de 580 trummor som var instuvad i den gamla kyrkan, då de skadats av snö och väta. Om kyrkans fasta inredning finns endast några få uppgifter. Altaruppsatsen från 1674 och predikstolen från 1685 överfördes 1702 till den nuvarande kyrkan men finns inte där längre.
Redan efter resolutionen 1664 torde man ha börjat med träkyrkans uppförande. År 1675 var kyrkan ännu inte helt färdig, men man hade börjat med inredningen. Altartavlan skänktes 1674 och från samma tid härrör en av de sex gravstenar från 1600-talet som sedan flyttades till den nuvarande kyrkan. Av träkyrkan finns idag inga spår kvar, förutom i skriftliga källor. På en karta från 1720 finns en korskyrka inritad på Fisketorget med anmärkningen ”Den gamla numera förfallne Stadskyrkian”. De senaste reparationsåtgärderna gjordes 1699 då bland annat ”Torf til gl. kiörkotaket” köptes.
I samband med stadsrättigheternas beviljande upptogs redan 1664 frågan om en egen kyrka. Sålunda bestämdes samma år att en del av kyrkotiondena i Blekinge finge användas under tre år för uppförandet av en träkyrka i Karlshamn. Innan denna kyrka blev färdig uppgjorde magistraten kontrakt med borgaren Pehr Persson att denne för 12 daler per halvår skulle till staden uthyra sin ”stora stufwa” till gudstjänstlokal.
En stuga och en träkyrka
År 1667 fick Karlshamn rätt att få egen präst, som borgerskapet självt skulle underhålla och löna. 1668 kallades Hans Mattsson Abelin till stadens kyrkoherde. (Han var son till Mats Hansson, kyrkoherde i Asarum). Det är dock troligt att staden redan tidigare haft en präst. År 1701 ägde sammanslagning rum av Asarums och Karlshamns pastorat, då Asarum blev annex till Karlshamn. Detta annexförhållande upphörde på 1860-talet.