(Text och blider på den här sidan: Hans Nordenborg)
Det var ett litet positiv, d.v.s en orgel med en manual och bara några få stämmor. Då detta positiv ansågs vara alltför oansenligt och ofta var i behov av reparation, beslöt man låta anskaffa en ny och större orgel. Uppdraget att bygga denna lämnades till prosten och orgelbyggaren Jonas Rudberus i Lyrestad. Det blev ett verk med 24 stämmor, som stod färdigt 1674. Då den gamla domkyrkan brann 1719 gick denna orgel helt förlorad.
I den nya domkyrkan, som uppfördes på Lagbergets krön, använde man sig först av en s.k. regal, ett litet orgelinstrument utrustat med enbart tungstämmor av ett visst slag. 1743 inköptes åter ett positiv. Detta såldes 1752 till Silleruds kyrka, emedan det ansågs för svagt för det stora rummet.
Alla helgons dag 1753 invigdes den orgel som påbörjades av den berömde stockholmsorgelbyggaren Olof Hedlund och fullbordades av hans gesäller, sedermera kompanjonerna Jonas Gren och Petter Stråhle. Detta verk, som innehöll 30 stämmor, ansågs som ett av de bättre i riket, om än ”övermåttan starkt i anseende till kyrkans och församlingens storlek”. Vid den stora stadsbranden 1865 skadades verket svårt, vilket gjorde att en ny orgel beställdes av tidens främsta svenska orgelbyggare, firman Åkerman & Lund i Stockholm.
Av denna förnämliga, helt nya orgel, som invigdes 1:a söndagen i Advent 1879, står fortfarande den rikt ornamenterade orgelfasaden samt drygt 250 klingande pipor kvar i den nuvarande orgeln.
1939 omarbetades och utbyggdes orgeln till ett tremanualigt verk med 58 stämmor av den danska firman Marcussen & Søn. Av denna orgel ingår 674 pipor (11 stämmor) i den nuvarande.
Till Domkyrkans återinvigning 1968 anskaffades den 14-stämmiga kororgeln, levererad av Grönlunds Orgelbyggeri, Gammelstad.
Den 6 februari 1972 invigdes den stora nya 65-stämmiga orgeln, byggd av Magnussons Orgelbyggeri, Mölnlycke. Denna orgel försågs med fem manualer och pedal samt ett helt nytt s.k. ryggpositiv infogat i läktarbröstningen
I adventstid år 2007 togs Domkyrkans minsta orgel i bruk. Det är ett femstämmigt positiv, en s.k. kistorgel, byggd av den holländske orgelbyggaren Henk Klop. Den är flyttbar, och kan alltså användas både vid mindre gudstjänster och som ackompanjemangsinstrument till körer och instrumentalensembler på olika platser i kyrkorummet.
Stora orgeln renoverades och ombyggdes senast 2010-11 av Grönlunds Orgelbyggeri, Gammelstad. Den innehåller nu 66 stämmor och 4616 pipor, vilket gör den till Västsveriges största kyrkorgel.