Under slutet av nittonhundrasjuttiotalet var chefsbytena många och institutet upplevde många olika ledarprofiler och intresseinriktningar. Internationell forskning och religionsdialog hade nu kommit långt när det gällde judisk-kristna relationer. En person som utförde en banbrytande insats i Paulusforskningen var Krister Stendahl. Han var dekan och professor vid Harvard Divinity School i Boston och senare biskop i Stockholm. Krister Stendahls engagemang för ekumeniska och judisk-kristna relationer, samt för Svenska teologiska institutet betydde mycket för båda parter. Idag bär föreläsningssalen på institutet Stendahls namn samt den professur i religionsteologi som inrättades 2008.
Nu var insikten att man inte skulle tänka antitetiskt när man arbetade med relationen judendom och kristendom. Istället skulle man se kristendomens judiska rötter som en tillgång. Kristendomens förhållande till judendomen beskrevs inte längre i termer av triumfalism och överlägsenhet. Skillnader mellan judar och kristna var snarare att betrakta som en tillgång, inom motsvarande en mogen syskonrelation. Efter lång tid fick det gamla paradigmet av hat och misstänksamhet ge vika för ett nytt med förtroendefulla samtal och samarbete. I det pågående samtalet betraktas judar och kristna som likvärdiga parter.
Den person som kom att inkorporera dessa båda forskningsmässiga och teologiska perspektiv med institutets verksamhet var Göran Larsson. Han blev institutets direktor 1979. Med Göran Larssons fackkompetens och språkliga färdigheter fortsatte institutets nära akademiska och sociala kontakter med både Jerusalem och Sverige. Stipendiatsterminerna gav åtskilliga präster, lärare och studerande möjlighet att utmana och vidga sina teologiska uppfattningar, nu med det jämlika dialogperspektivet som ledstjärna.
Arbetet på det Svenska teologiska institutet har alltså inte bara innefattat faktainhämtning om bibeltexter och judendom. Som tidigare påpekats var det en ny situation för svenska studerande att höra judiska föreläsare presentera både judiska och kristna ämnen. I förlängningen av arbetet med judisk-kristna relationer ligger också en omvärdering av kristendomens judiska rötter. Den hade länge tecknats i negativa termer. Nu kom den att bli en positiv tillgång, men samtidigt en utmaning. Nya frågor diskuterades: Hur ska man beskriva förhållandet mellan det ”gamla” och det ”nya” förbundet på ett korrekt sätt? Hur presenterar man polemiken mellan Jesus och fariséer i evangelierna utan att misskreditera judendomen eller kristendomen? Frukterna av detta arbete sammanfattades senare i dokumentet ”Guds vägar”, som Svenska kyrkan antog 2001.
Stor uppskattning uttrycktes från judiskt håll i Jerusalem för det dialogarbete som utfördes på institutet. Arbetet uppmärksammades med många priser och utmärkelser. En populär gäst på institutet under den här tiden var Jerusalems borgmästare Teddy Kollek. Kollek stadfäste åter husets, Beit Tavors varumärke som ”det vackraste huset i Jerusalem”. Beit Tavor hade också vunnit en sådan omröstning i tidningen Kol Ha-̔Ir 1981.
I Jerusalem kan dialog och spiritualitet gå hand i hand. Ett konkret bevis för detta är den ikon som Bengt Olof Kälde framställde 1986 i institutets kapell, med motiv hämtat från frambärandet av Jesus i templet, enligt Lukasevangeliet 2:21-38. Tillsammans med Göran Larsson arbetade Kälde med traditionella judiska och kristna motiv för att gestalta kristendomens judiska rötter. Den tredelade ikonen är idag en av institutets tydligaste manifestationer för sin Jerusalemsförankring. Ikonens tillkomst och arbetet med judisk-kristna relationer har beskrivits av Göran Larsson i boken ”Fönster mot Gud. Ikonernas budskap i Svenska teologiska institutets kapell i Jerusalem”, 2011. Institutets kapell blev senare tillägnat den heliga Birgitta och är idag känt som Birgittakapellet, där kursdeltagare och den svenska församlingen firar gudstjänst. Svensk historia och närvaro i Jerusalem är ekumenisk.
Även det internationella kontaktnätet breddades under nittonhundraåttiotalet med de internationella stipendiatkurserna. Den första kursen där större delen av deltagarna kom från länder utanför Europa ägde rum 1982. Detta kurskoncept har med några uppehåll fortsatt sedan dess. Även för dessa studenter blev mötet med landet och landets folk avgörande. Det fanns en speciell dimension för studenter från Afrika och Asien som blev tydlig i mötet med landet, nämligen den politiska. Dessa studenter såg och kände igen sig bland annat i de kristna palestiniernas situation. Traditionella förväntningar på det heliga landet bröts nu mot en problematisk politisk verklighet. Även relationen till islam fördes upp som ett studieämne i institutets program. I och med att institutets undervisning och nätverk förändrades utarbetade Svenska kyrkans mission i Uppsala 1998 ett nytt ramprogram för verksamheten där relationer till och undervisning om judendom, kristendom och islam ingick.
Den första intifadan, det första palestinska upproret, som började i slutet av 1987 blev en påminnelse om palestiniernas utsatta situation. Det hade gått lång tid sedan den israeliska ockupationen av Västbanken och Gaza började och palestiniernas verklighet hade blivit sämre med ökade restriktioner. Palestiniernas sak och deras identitet som just palestinier diskuterades nu internationellt och kravet på politisk självständighet var uttalat.
Frågan blev nu för institutet till vilken grad en palestinsk representation bland föreläsare, kontakter och undervisning skulle förverkligas. Svenska kyrkans etablerade kontakter med palestinska kristna och muslimer var en tillgång, men blev också ett stridsäpple för institutets inriktning. Den palestinska politiska historien och verkligheten blev successivt en del av institutets verksamhet och program. Den fredsprocess som startade med Osloöverenskommelsen 1993 kom dock att kollapsa. Både israeler och palestinier fick under några år i mitten av nittonhundra nittiotalet uppleva ett närmande till varandra och förhoppningar om ett slut på konflikten. Dessa förhoppningar grusades av brutna avtal och en ökande religiös och politisk radikalisering på båda sidor. Politisk islamism kom att stå mot bosättarrörelsens nationalism.
Den andra intifadan började i september 2000. Dess våldsamma förlopp innebar att många europeiska och amerikanska institut fick stänga eller radikalt reducera sin verksamhet. Svenska teologiska institutet höll öppet och bedrev verksamhet trots bristen på studenter och besökare. Påfrestningarna på personal och ekonomi var stora. Detta blev nu tillfället för utvärdering, men samtidigt en satsning på framtiden. Efter en omfattande utredning av Svenska teologiska institutets verksamhet och potential beslöt Svenska kyrkans kyrkomöte 2005 att verksamheten skulle fortsätta med förstärkt akademisk kompetens i religionsteologi, mot judendom, kristendom och islam. En professur i religionsteologi i Krister Stendahls namn inrättades 2008. Innehavare är Jesper Svartvik från Centrum för teologi och religionsvetenskap vid Lunds universitet. Sedan 2005 har antalet kurser och besökare ökat och institutet tar idag emot ett tiotal grupper per år.
Det är institutets uppgift och utmaning att vara en akademisk och mänsklig förmedlare av förhållandena och dialogerna i Jerusalem. Denna uppgift har institutet burit under decennier och kommer också att bära den i framtiden insha ’Allah, om Gud vill.