I februari 1951 kunde alltså Greta Andrén och Hans Kosmala ta emot de första fem skandinaviska studenterna för den första studieterminen. De var Magne Saebö och Olav Farestveit från Norge, Anker Gjerding från Danmark, samt Abel Isaksson och Torgny Erling från Sverige. För Andrén och Kosmala var detta en början på möjligheten att tillsammans med teologer, präster, lärare och andra studenter på plats i Jerusalem få lära känna Bibelns ursprung och judendom, tillsammans i det unga landet Israel. Andrén och Kosmala kom att samarbeta i tjugo år. Det var uppenbart att institutet kunde bana väg för nya sätt att söka kunskap och att få förbättrade kunskaper.
De första studenternas tillvaro i Jerusalem var intensiv och givande, fast de levde under enkla förhållanden. Studenterna fick resa med båt till Haifa, rummen var små och spartanska och maten var ransonerad. Man väcktes kvart över sju på morgonen av Greta Andréns kamelklocka. Efter frukost var det morgonbön som hölls på engelska och sedan följde två föreläsningar före lunch och sedan en före kvällsmat. Samtalsspråket under måltiderna var tyska. Lektionerna hölls i institutets bibliotek. Den svenske stipendiaten Torgny Erling, senare missionär och kyrkoherde i Göteborg, skriver i Svenska Israelsmissionens årsrapport för 1951: ”Inte vill man byta ut en termins studier vid detta institut mot en aldrig så lång vistelse vid något annat college, det må vara hur ärevördigt som helst!”.
I den första årsrapporten för institutets verksamhet 1951 skriver biskop Torsten Ysander, som var ordförande för Svenska Israelsmissionen, under rubriken ”Ny väg”: Ett teologiskt studieinstitut i Jerusalem är en tanke, som blir mer kär och fascinerande, dess mer man gör sig förtrogen med den. Alltför mycket och alltför länge har kristenheten nöjt sig med att utifrån lära känna andra religioner. Missgrepp i forskning, missförstånd i umgängelse har blivit följden. På olika arbetsområden inom vetenskapen har i vår generation upptäckts det tjänliga instrument, att förlägga studierna till institut, förlagda mitt i en annan religions levande område. Torsten Ysander fortsätter sedan att framhålla institutets två viktiga uppgifter, nämligen att på plats lyssna och lära främst om judendomen, men också att representera svensk kyrklighet i Jerusalem. Institutets uppgift blir ett slags ambassadörskap. Hans artikel avslutas dock med något av en förhoppning om individuell mission. Ysander menar att mission är den enskilde evangelistens ansvar. Det nya institutets ansvar är en yttre respektfull och lyssnande representation, om det sköts väl kan det leda till att institutet attraherar intresserade judar. Israelsmissionens ordförande utesluter alltså inte mission, så länge den inte är institutionell. Samtidigt var det hög tid att ta avstånd från vrångbilder av judendomen. Det fanns efter andra världskriget en vilja hos kyrkor och kristna organisationer att omvärdera den traditionella antijudiska teologin, där judarna ofta framställdes som diaboliska gudsmördare. Man insåg nu att den hade spelat nazisterna i händerna. Tiden var kommen inte bara att göra upp med de grälla antisemitiska hållningarna utan också med de mer subtilt negativa presentationer av judar och judisk fromhet som figurerade i kristen undervisning och bibelforskning. Det blev också i frågan om judisk-kristna relationer som det Svenska teologiska institutet kom att utveckla både en vetenskaplig och en pastoral profil under åttio- och nittiotalen. Den redan nämnda förutsättningen att på ort och ställe i Jerusalem kunna möta modernt judiskt liv var en del av institutets idé. En annan förutsättning var att judiska föreläsare kunde presentera den judiska traditionen på ett professionellt sätt och att de var villiga att engagera sig i samtal med kristna företrädare. Denna metod kallades i slutet på sextiotalet ”dialog”, då som en motsats till traditionell mission. Det som Torsten Ysander presenterade som institutets studie- och lärandefunktionen utfördes främst genom att regelbundet nästan varje vår- och hösttermin under fem decennier ta emot studenter. Stipendier från Svenska Israelsmissionen gjorde att de kunde studera ett par månader på institutet. Tack vare Hans Kosmalas internationella kontaktnät kunde även andra studenter än de skandinaviska komma till institutet. Ofta anpassades kurserna efter studenternas intressen och behov. Ämnena var många: Bibeln, judendom, arkeologi, språk och den moderna staten Israel. Bibeltexter och andra judiska texter studerades på originalspråk, till exempel Påskhaggadan. Åtskilliga bibel- och språkforskare fick på det här sättet en god grund för vidare studier och forskning. Variationen på språkstudierna var omfattande: bibelhebreiska, modern hebreiska, arameiska, jiddisch och till och med ugaritiska. Många av de bibelforskare och språkexperter som sedan arbetade med den svenska översättningen av Gamla testamentet hade varit stipendiater på Svenska teologiska institutet i Jerusalem. Svenska Israelsmissionen beviljande tre heltidsstipendier per år för svenska studenter, vilka kunde fördelas både på vår- och hösttermin. Vid tioårsjubileet 1961 konstaterade man att nästan hundra studenter, både nordiska och andra från länder som England, Holland, Schweiz, Tyskland, USA, Sydafrika, Japan och Indien hade studerat på institutet. Många av dessa studenter gick sedan vidare till både kyrkliga och akademiska uppdrag där studierna i Jerusalem hade spelat stor roll.
Det ekumeniska utbytet var i början begränsat och likaså kontakterna med muslimer. Att man under verksamhetens början fokuserade på främst judiska och israeliska ämnen och kontakter berodde på att institutet var beläget i västra delen av Jerusalem som hade blivit israeliskt efter vapenstilleståndet med Jordanien. Den östra delen av Jerusalem styrdes av Jordanien och det var just i och kring Gamla staden där de flesta heliga platser låg. Institutets studenter och personal fick dock som traditionen i Jerusalem bjuder, tillstånd att passera Mandelbaum Gate och besöka de heliga platserna i Jerusalems Gamla stad, och i Betlehem under kristna högtider. 1951 till 1967 var man alltså hänvisad till forskning och kontakter i västra Jerusalem och Israel. Både Hans Kosmala, Greta Andrén och en del av institutets studenter som snabbt lärde sig modern hebreiska fick medverka i nationella radiosändningar med föredrag och i diskussioner. Samtidigt knöts goda kontakter med det Hebreiska universitetet som byggde ett nytt campusområde i Givat Ram. Berömda forskare som Martin Buber, David Flusser, Abraham Schalit och Chaim Rabin föreläste på institutet. Även den kände arkeologen Yigael Yadin delade med sig av aktuella utgrävningsresultat. Den redan nämnde Chaim Wardi blev en viktig person som institutet kunde anknyta till och få goda råd av. Wardi hade ett speciellt intresse och administrativt ansvar för de kristna i Israel.
Det var inte bara israeliska forskare som besökte institutet under nittonhundrafemtio- och sextiotalen. Kända skandinaviska språk- och bibelforskare som H.S. Nyberg, Johannes Lindblom och Sigmund Mowinkel föreläste också på institutet. Värdefulla akademiska kontakter knöts på det här sättet och Hebreiska universitet beslöt snart att ge institutet en gåva i form av en fullständig Talmudutgåva. Detta var ett erkännande av institutets goda avsikter och kvalitet. Gåvan överlämnades personligen av professor Hugo Bergmann, som var professor i filosofi.
Under institutets första decennium var svenska turist- och pilgrimsgrupper ovanliga i Jerusalem. I och med att resandet ökade kom det fler svenska grupper även till institutet i Jerusalem. Grupperna anlände ofta från den jordanska sidan och då var institutet ett välkommet första uppehåll i västra Jerusalem. Det var Greta Andrén som tog emot grupperna. Hon höll ett föredag om ”Landet, Folket och Boken” och visade grupperna institutets trädgård. De besökande grupperna blev fler. Under mitten av sextiotalet besökte i genomsnitt ettusen femhundra svenska pilgrimer institutet per år. De bidrog också till institutets ekonomi med gåvor och pengar. Även den svenske statsministern Tage Erlander med sin fru Aina besökte institutet på statsbesök i Israel den 26 mars 1962. Institutet hade på ett decennium blivit känt och respekterat. Svenska teologiska institutet växte på sätt och vis fram tillsammans med den nya staten Israel och delade dess utmaningar. Det var ingen självklarhet att ett protestantiskt studieinstitut skulle få starta på det här sättet, men 1963 hade man fått sin registrering som kyrkligt anknutet institut klar. Det var inte bara synen på mission som kom att ändras i och med institutet etablerades. Även synen på sionismen förändrades. Det var snarare regel än undantag att många svenska teologer och kyrkliga representanter var negativa till den politiska sionismen före kriget. Även om man beundrade dess nybyggaranda menade man att sionismen var oandlig, det vill säga bedräglig. Så kallade bibeltrogna representanter fanns också hos Svenska Israelsmissionen och för dem var sionismen en draghjälp för det judiska folket att återvända till platserna där de hade sina rötter. Dessa perspektiv sammanföll också med hur många officiella representanter för den israeliska staten såg på sitt land och sitt folk. Genom mötet med Bibelns land och den sionistiska berättelsen blev den judiska anknytningen till landet bekräftad. En person som var framträdande i denna fråga var diplomaten och forskaren Pinchas Lapide. Lapides bok ”Israel: guide till gammalt och nytt” översattes till svenska av Greta Andrén och kom ut 1968. När studie- och forskningsverksamheten var etablerad konstaterade man att den charmiga fastigheten bidrog både till hemkänsla och publicitet. Huset Beit Tavor var som tidigare sagts berömt i Jerusalem och ofta omtalat som Jerusalem vackraste och hemtrevligaste hus. I folkmun var det känt som ”drömmarnas hus”. Bland andra Amos Oz beskriver det i sin självbiografiska bok ”En berättelse om kärlek och mörker” som utkom 2005. Efter många års förhandlingar med den amerikanska ägaren kunde fastigheten till slut köpas mellan 1966 och 1967. Det som huset bjöd på i trivsel saknades dock när det gällde komfort och ändamålsenlighet. Under de första decennierna fanns inte ordentliga köksutrymmen. Den gamla fastigheten var ständigt i behov av förbättringar. Man sökte efter möjligheten att få inrätta fler rum för studenter och besökare eftersom institutet nu blivit en attraktiv plats att studera på. Institutets vänkrets växte också. En viktig person blev författaren Shalom Ben-Chorin som arbetade i Martin Bubers anda och var tillsammans med David Flusser en av de israeliska intellektuella som arbetade med Jesus ur ett judiskt perspektiv. Att judiska forskare föreläste både om judendom och om traditionellt kristna ämnen som till exempel Jesus för kristna studenter, var något nytt. Detta gav också ringar på vattnet i Sverige. En av de svenska forskare som arbetade med de modernare judiska Jesustolkningarna var Gösta Lindeskog. Han var en frekvent gästföreläsare, styrelseledamot, samt inspektor för Svenska teologiska institutet under över tjugo år. Direktorn Hans Kosmalas arbete med forskning och undervisning fick också nya influenser av miljö och texter i Jerusalem. De under slutet av nittonhundrafyrtiotalet upptäckta Dödahavsrullarna blev ett material som kom att öka kunskapen om judendomen under Jesus tid. 1959 blev Kosmala doktor vid universitetet i Leiden på en avhandling om Hebréerbrevet. Hans idé var att brevets mottagare tillhörde samma judiska gruppering som stod bakom delar av Dödhavstexterna, det vill säga esseerna. Från 1961 var Kosmala också redaktör för en årsbok, Annual of the Swedish Theological Institute in Jerusalem (ASTI). Många av de israeliska och internationella forskare som föreläst på institutet publicerade artiklar i årsboken och publikationen innehöll artiklar inom områden som filologi, arkeologi, gammal respektive nytestamentlig exegetik och judaika. ASTI utkom mellan åren 1962 och 1983. Det var inte bara forskningsvyerna som vidgades, så småningom fördjupades även ekumeniska och interkonfessionella perspektiv. 1962-1965 var de år som Andra Vatikankonciliet sammanträdde i Rom. Ett av de viktigaste resultaten för Svenska teologiska institutets vidkommande var dokumentet Nostra Aetate där bland annat den romersk-katolska kyrkan omvärderade sin relation till judendomen. Många europeiska kyrkor hade tagit avstånd från antisemitism efter andra världskriget. I Nosta Aetate gick man ännu längre. Judendomen räknas som en med kristendomen jämbördig religion och kyrkans arbete riktades in på att förändra bilden av judendomen till det bättre i liturgier, undervisning och forskning. Kristendomen skulle inte längre definiera judendomen som underlägsen. Missionstanken framstod nu också som allt mer problematisk. Det var genom ekumeniska relationer som de religionsteologiska hållningarna gentemot judendomen började förändras. Dominikanern och filosofiprofessorn Marcel Dubois deltog i kurser och seminarier på institutet tillsammans med andra katolska representanter. Dubois var en av grundarna av The Jerusalem Rainbow Group 1965. Det var en av de första judisk-kristna dialoggrupperna i Jerusalem. Gruppen är fortfarande aktiv. I gruppen förde judiska och kristna företrädare religionsdialog med varandra genom akademiska föreläsningar och diskussioner. Följande år var Hans Kosmala med och grundade The Ecumenical Research Fraternity på Svenska teologiska institutet. Syftet med The Ecumenical Research Fraternity var att bevaka judisk-kristna relationer i Jerusalems ekumeniska sammanhang. I dialoggrupperna byggdes både vänskap, kollegialitet och framförallt förtroende. Dessa grupper fyllde och fyller fortfarande ett stort behov av dialog och möten över kultur- och religionsgränser. Få städer har förändrats så mycket som Jerusalem under nittonhundratalet. 1967 var året då staden skulle förändras igen. Efter några dramatiska dagar av krig i början av juni hade Israel tagit kontrollen över bland annat Västbanken, vilket för institutets del innebar de heliga platserna i och kring Gamla staden blev tillgängliga för dagliga besök. Det gällde kända platser som Gravkyrkan, Olivberget, Tempelberget med moskeområdet med Klippdomen och al-Aqsamosken. Kriget var mycket kännbart i Jerusalem med bland annat granatbeskjutning. Trots stränga uppmaningar från Svenska Israelsmissionens huvudkontor i Stockholm att lämna Jerusalem, stannade Greta Andrén och Hans Kosmala i Beit Tavors förrådskällare och väntade ut striderna. Huset fick åtskilliga skador, men reparerades efter kriget. Östra Jerusalem var nu ockuperat och kontrollerat av Israel. Förutsättningarna för studier och forskning i Jerusalem blev också annorlunda. Under höstterminen fortsatte undervisningen, och utmaningen att ta sig an fler ekumeniska kontakter, samt muslimska sammanhang uttalandes från många håll. Många andra institut förändrade sin profil i relation till den nya scenen. Nya institut etablerades också. En speciell kompetens krävdes för dialog med islam och de arabiska kristna, som de kallades då. Både Hans Kosmala och andra ansvariga i Israelsmissionen var tveksamma. Förändringar skedde även med Svenska Israelsmissionen i Sverige. Den ekumeniska tidsandan och den teologiska bearbetningen av förhållandet mellan kristna och judar kom att göra det traditionella missionsbegreppet förlegat. Svenska Israelsmissionen rörde sig mer mot dialog, den metod som Svenska teologiska institutet framgångsrikt banat väg för. Det var Göte Hedenquist som sedan 1961 varit missionsdirektor för Israelsmissionen som både internationellt och nationellt drev kontakterna mellan judar och kristna mot dialog. De ekonomiska konsekvenserna för den Svenska Israelsmissionen blev kännbara. Det var lättare att samla in medel till mission än till dialog. Verksamheten krympte och för att markera den teologiska förändringen bytte 1970 Svenska Israelsmissionen namn till ”Riksorganisationen kyrkan och judendomen. Svensk kyrkotjänst till den judiska världen” (RKJ). Fem år senare blev judisk-kristna relationer en del av Svenska kyrkans missions (SKM) arbete och även Svenska teologiska institutet kom att ingå i detta arbete. Svenska Israelsmissionen var en självständig organisation från 1875 till 1975 och hade haft verksamhet både i Wien, Paris, Casablanca och i Jerusalem.