Initiativet till att starta ett svenskt teologiskt institut i Jerusalem togs under pågående världskrig av dåvarande Svenska Israelsmissionen. I september 1944 beslutade styrelsen att man skulle etablera en svensk verksamhet i Jerusalem. Att det sedan blev ett studieinstitut och inte ett missionsinstitut hade sin förklaring i det akademiska undervisningsarbete som Svenska Israelsmissionen bedrev i Wien före nazisternas ankomst 1938.
Den undervisning i judiskt liv och tradition som bland andra Hans Kosmala bedrev riktades inte bara till den egna missionärskretsen, utan också allmänt till kristna och judar i Wien. Hans Kosmala arbetade tillsammans med prästen Göte Hedenquist på missionen från 1936 till 1938. Kosmala hade varit direktor på forskningsinstitutet Institutum Judaicum Delitzschianum i Leipzig fram till dess Gestapo stängde det 1935. Genom Birger Pernows försorg – Pernow var direktor för den Svenska Israelsmissionen i Stockholm – fick Kosmala tillsammans med andra akademiker återupprätta Institutum Judaicums verksamhet på missionsstationen i Wien. Tanken var att de både skulle utbilda missionärerna om judendom, men också att sprida kunskap om judendom för de ofta sekulariserade judarna i Wien.
Förläsnings- och studieverksamheten blev framgångsrik och en ny linje i Wienmissionens arbete. Tillsammans med Göte Hedenquist gav Hans Kosmala ut en tidskrift som hette Aus zwei Welten (”Från två världar”) där olika kristna perspektiv på judendom diskuterades. Tidningens och de offentliga föredragens innehåll ville visa kristna att judendomen inte var en främmande tradition och judar att kristna inte primärt var fiender. Det fanns dock hela tiden en missionsstrategi i arbetet. De föreläsningar och studiegrupper där judar och kristna deltog skapade ett intellektuellt klimat där man kunde diskutera likheter och skillnader mellan judendom och kristendom. Sådana samtal fördes även på andra håll och kallades under denna tid Religionsgeschpräch, religionssamtal. Israelsmissionens evangeliserande verksamhet i Wien hade startats redan under nittonhundratjugotalet. I Wien fanns många judar som var gifta med kristna och de var främst dessa som var målgruppen för missionens arbete. Kärnan i verksamheten var den församling av främst kristna av judisk börd som samlades och firade gudstjänst i det kapell som kallades Messiaskapelle. Adressen var Seegasse (ungefär ”Sjögränd” på svenska) 16 i statsdelen Alsergrund. Efter Hitlers maktövertagande i Tyskland 1933 kom det många judiska flyktingar till Wien. Den Svenska Israelsmissionen var länge ensam om att bedriva mission bland judar i Wien och hade en framgångsrik tid i mitten och slutet av nittonhundratrettiotalet. Då de tyska judiska flyktingarna kom till Wien blev följden brist på bostäder, och för judar en rotlöshet och oro för vad som skulle kunna hända om nazisterna tog över i Österrike. Missionen i Wien svarade då inte bara med missionsförkunnelse, utan också med socialt stöd för utsatta judar. En stor del av Seegasseförsamlingen bestod av tyska flyktingar. En av de ledande medarbetarna var diakonissan Greta Andrén från Marstrand. Hennes första uppdrag för Svenska Israelsmissionen blev just i Wien. Hon anlände i slutet av 1934 och arbetade där ända till dess nazisterna lät stänga verksamheten i den stora fastigheten 1941. Efter några år i Sverige blev sedan Greta Andréns uppdrag att etablera det Svenska teologiska institutet i Jerusalem. Där arbetade hon med olika avbrott från 1947 till 1971 då hon samma år avled i Sverige.
När Hitlers arméer rullande in i Österrike den 11 mars 1938 förvandlades Svenska Israelsmissionens verksamhet från social mission till flyktinghjälp. Ett omedelbart problem var risken för arrestering för de ansvariga vid missionen som var av judisk börd. Den framgångsrike föreståndaren Friedrich Forell tvingades fly omgående från Wien då man antog att han var registrerad hos nazisterna. Det förväntades att nazisterna vid sin ankomst till Österrike, skulle börja samma skräckvälde mot judar som de gjort i Tyskland. Forell tvingades lämna kvar sin fru i Wien, men de kunde senare återförenas i Paris där de fram till nazisternas ockupation av Paris arbetade med flyktinghjälp. Från mitten av mars 1938 blev därför Göte Hedenquist ny chef för missionen på Seegasse. Ett annat problem av mer byråkratisk karaktär blev missionens namn Schwedische Gesellschaft für Israel (ungefär: Svenska Israelssamfundet). Den judiska dimensionen i namnet stack i ögonen på Gestapo. Efter både razzior och hot fick man ändra namnet till Schwedische Mission Stockholm; Missionsstation Wien (Svenska Stockholmsmissionen, missionsstationen i Wien). Hedenquists uppgift som ny ansvarig på missionen blev dels att hindra Gestapo från att stänga verksamheten, dels att försöka rädda så många som möjligt av församlingens medlemmar från nazisternas deporteringar. Den som var ansvarig för det som nazisterna kallade utrensningen av judar från Wien var den unge SS-kaptenen Adolf Eichmann. Hans behandling av judarna i Wien var hård. Göte Hedenquist som prästvigdes 1936 i Uppsala anlände på senhösten till Wien med sin fru Elsa. De uppgifter som Hedenquist kom att ansvara för var de löpande som gudstjänster, information, ekonomi, externa kontakter samt till slut en grundlig omorganisering av hela missionen. Från och med våren 1938 delades arbetet in i tre avdelningar: A ”andlig vård och omsorg”, B ”mat- och boendehjälp” och C ”flyktinghjälp”.
Verksamheten kostade nu mycket pengar och man fick stöd både genom gåvor och ihopsamlade medel från Svenska Israelsmissionen, men också från utländska organisationer. Genom kontakterna med de nazistiska myndigheterna, speciellt med Adolf Eichmann, lyckades man få utresevisum för upp till tretusen personer, därav många barn. Flyktingtransporterna samordnades med Büro Grüber i Berlin som var en organisation som hjälpte judar och lutherska kristna ur Nazityskland. De flesta av flyktingarna från Wien kom inte till Sverige utan till England, Frankrike, USA och Argentina. Vid den här tiden var Sverige i princip stängt för judiska flyktingar. Det var främst barn, döpta genom Svenska Israelsmissionens försorg, som utan sina föräldrar kunde komma till Sverige genom de tillstånd som Svenska Israelsmissionen kunde utverka för dem. Hedenquist som ledde missionens verksamhet under dessa problematiska år har sammanfattat sina intryck i boken ”Undan Förintelsen”. Den svenska journalisten Elisabeth Åsbrink har i boken ”Och i Wienerwald står träden kvar” uppmärksammat problemet med att döpta judiska barn prioriterades i flyktinghjälpen. Det var just församlingsmedlemmar och anhöriga som prioriterades i när det gällde utresor från Wien. Det fanns också önskemål från huvudkontoret i Stockholm och från de svenska myndigheterna att flyktingarna skulle vara döpta. Till slut gjorde nazisternas hårdnande terror att huvudprincipen blev att rädda människoliv. Mycket av flyktingverksamheten fick till slut bedrivas i hemlighet. Man kan dock i efterhand konstatera att både missionen och de nazistiska myndigheterna sedan våren 1938 hade samma målsättning, nämligen att få ut så många judar som möjligt ur Wien. Bevekelsegrunderna och metoderna var dock helt olika. Relationen till den nazistiska administrationen i Wien var påtvingad genom den situation som rådde och mycket komplicerad. Teologiskt stod missionärerna och nazisterna långt ifrån varandra. Förutom att de svenska missionärerna levde bland Wiens judar och fick många vänner bland dem, såg de en större närhet till judendomen. I nazisternas ögon var judarna fiender som först skulle deporteras och sedan dödas. Enligt Svenska Israelsmissionen blev en jude som lät döpa sig kristen och hade därmed lämnat judendomen. I nazisternas föreställningsvärld förblev en jude alltid en jude, även om man blivit döpt. Även medlemmar i den judisk-kristna församlingen på Seegasse arresterades och transporterades bort till lägren. Att vara döpt hjälpte ändå en del judiska barn att få tillstånd att komma till Sverige som flyktingar. Men detta önskemål låg snarare på den svenska sidan. Israelsmissionens flyktinghjälp var dock högst befogad eftersom de nazistiska myndigheterna började deportera judar till koncentrationsläger redan i januari 1941. Många av dessa dog i lägren. Greta Andrén skrev i boken ”Ett Kristusbrev. Gerty Fischer” om en församlingsmedlems liv som slutade i ett fångläger i den polska staden Kielce sommaren 1942. De judar som gick med i Wienmissionens församling hade en utsatt ställning. Från Israelsmissionens sida kallade man dem ”kristna av judisk börd” eller vardagligen ”judekristna”. De blev i regel utfrusna från sin judiska gemenskap då de blev döpta. Under nazisternas regim kunde de vare sig nyttja sjukvård eller få hjälp med bostäder. De var hänvisade till den svenska missionen. Trots detta blev de heller inte godkända som fullvärdiga lutherska kyrkomedlemmar då deras status var omtvistad. Det handlade till sist om vilken kyrkorättslig registrering dessa judiskt kristna skulle ha. Då Wien i stort var tömt på judar under sommaren 1941 stängde Gestapo verksamheten på Seegasse och större delen av personalen kunde ta sig till Sverige. Den sista gudstjänsten hölls den 15 juli 1941, men en viss hjälp med förnödenheter till dem som deporteras kunde ändå uppehållas. Många av dem som arbetat på Seegasse i Wien fortsatte sina tjänster inom Svenska Israelsmissionen, med liknande uppgifter.
Behovet att lära kristna om judiskt liv och tradition blev påkallat och mer akut efter kriget då omfattningen av och mekanismerna bakom Förintelsen stod klara. Innan de organiserade deportationerna och massmorden på judar började hade den nazistiska regimen bedrivit hatpropaganda mot dem i nästan tio år. Behovet av ordentlig kunskap och kompetent undervisning blev tydligt.