Varnhems kloster och klosterkyrka uppfördes ca 1150 av cisterciensermunkar. Kyrka och kloster härjades av brand 1234, varefter såväl kloster som klosterkyrka återuppfördes.
Församlingskyrkan Skarke var belägen ca 700 meter norr om klosterkyrkan. Vid platsen för denna kyrka har arkeologiska utgrävningar utförts.
Klosterkyrkan är uppförd under flera olika perioder:
Period 1 - den fransk-romanska perioden 1150-1170. Kyrkan fick vid denna tid ett rakt avslutat kor omgivet av två korkapell och troligen tunnvalv. Från denna period återstår sannolikt murverk i kor och tvärarmar.
Period 2 - den tysk-romanska perioden 1180-1234. Kyrkan moderniserades genom basilikaformen med lägre sidoskepp och högre mittskepp med fönster ovanför sidoskeppen. Mittskeppet försågs med troligen ribblösa kryssvalv, där varje mittskeppsvalv stöttades av fyra sidoskeppsvalv. Från denna tid återstår delar av långhusets yttermurar.
Period 3 - den nordtyska,Westfaliskt/Rhenländska 1234-1260. Den nästan färdiga anläggningen skadades svårt efter branden och måste återuppbyggas. Till hjälp anlitade man lekmannabröder från kloster i Nordtyskland. Kyrkan fick delvis nuvarande valv, koromgång och kapellkrans.
Magnus Gabriel De la Gardie renoverade sin blivande gravkyrka 1654-1674 men arbetet avslutades inte helt förrän vid 1700-talets början. Kyrkan var före restaureringen förfallen. Den hade härjats av två eldsvådor, 1394 och 1513. Klostrets hade övergivits 1533. Nedfallna murar restaurerades, yttermurarna putsades och vitkalkades. Kyrkan försågs med strävpelarsystem. Material till detta hämtades från klostret. Nuvarande yttertak och centraltorn tillkom. Den till stor del bevarade barockinredningen skapades. Under 1700-talet avslutades arbetet med De la Gardieska gravkoret och dessutom tillkom Lejonstolpes, Warenbergs, Svedbergs, Lundins och Hallenius gravkor.
Under 1700-talets slut och 1800-talet underhölls kyrkan bland annat med lagningar av puts, tak och murar.
1918-1923 restaurerades kyrkan grundligt under ledning av riksantikvarie Sigurd Curman. Arkitekt var Axel Forssén. Man reparerade takstolar och torntak, sänkte golvet, bytte innerdörrar och byggde om bänkar.
1922-1928 pågick arkeologiska utgrävningar i klosterruinerna och ovanpå de lagade murarna i ruinen lades torv. 1928 öppnades också den grav man trodde innehöll kvarlevorna av Birger jarl.
1965 inträffade en brand på orgelläktaren orsakad av ett överhettat element. Hela orgeln samt läktaren förstördes. En ny orgel, byggd av Herman Ele, Bautzen, invigdes 1968.
Kyrkans kormatta "Livsvandringen" är tillverkad av Agda Österberg 1951, som hade sin ateljé i Varnhem.
2002 öppnades åter Birger jarls grav. En osteologisk undersökning bekräftade att graven med största sannolikhet verkligen innehåller kvarlevorna av Birger jarl, hans hustru Mechtild samt hertig Erik.
Under vintern 2010-2011 byttes bland annat uppvärmningssystem och elsystem i kyrkan och porten sänktes till marknivå.
September 2021 till april 2022 var Varnhems klosterkyrka stängd för antikvarisk städning och återöppnades på påskdagen den 17 april 2022.
Klicka för att se bilder och läsa mer om den antikvariska städningen...