Kyrkans exteriör har en utpräglad slutenhet med få detaljer och fönstren samlade i band. Fasadmaterialet, det mörkbrända teglet, får liv genom de djupa fogarna och en ojämn murning. Det relativt låga klocktornet och stålkorset framför kyrkan är det enda i exteriören som visar byggnadens funktion.
Kyrkorummet, slutet utåt och med allt ljus från innergården, präglas av lugn och enkelhet. De slutna väggarnas mörka tegel står i stark kontrast till de stora fönsteröppningarna i söder. Utsmyckningen i rummet är nästan helt begränsad till det färgstarka krucifixet och den skulpterade dopfunten. Kyrkorummet ger ett rofyllt intryck, med bl.a. dopfuntens porlande vatten och dess stora vattenyta.
Församlingslokalerna på bottenvåningen präglas, liksom kyrkorummet, av en slutenhet mot omgivningen men vända mot innergården. Karaktäristiskt är väggarnas mörka tegel, detaljer av naturträ och en relativt låg takhöjd där många av taken är av omålad betong. Lokalerna en trappa upp är betydligt ljusare med fler fönster och målade väggar och tak.
S:t Tomas en särpräglad kyrka
• som påverkat det omfattande kyrkobyggandet i Sverige under 1900-talets andra hälft, utformad av en av 1900-talets mest betydelsefulla arkitekter i landet
• anläggningens helhetsverkan genom arkitektens konsekventa formgivning av både fast inredning och inventarier
• byggnadens slutenhet mot omgivningen och öppenhet mot gården
• den konsekventa enkelheten i utformning och materialbehandling
• den medvetet begränsade utsmyckningen
• kyrkbacken med sitt kors och dess samband med Vällingby centrum