Ända sedan Gustav Vasa tog makten över kyrkans tillgångar på 1500-talet för att stärka den personliga kungamakten har staten och kyrkan haft en nära relation. Under stormaktstiden på 1600-talet stärktes banden ytterligare mellan det kyrkan och staten. Staten ansåg att det var bäst att alla landets medborgare hade samma religionsuppfattning, bara de som hade den "rätta tron" fick vara medborgare i landet. Men under 1700-talet började kritiken av statskyrkosystemet komma dels från kyrkans olika väckelse- och förnyelserörelse men också från de som anammat upplysningstiden idéer om frihet för medborgarna. Den politiska liberalismen och väckelserörelserna växte sig starkare under 1800-talet och många frikyrkor startade.

Redan 1850 kom den första motionen till den gamla fyrståndsriksdagen om att avskaffa statskyrkosystemet och vid kyrkomötet 1908 och i riksdagen 1909 debatterades frågan. Det har inte varit ett statiskt förhållande men det kom att dröja mer än hundra år innan riktigt grundläggande förändringarna kom till stånd.

1958 tillsatte regeringen en expertutredning som under tio år kartlade olika aspekter av vad ändrade relationer mellan kyrkan och staten skulle innebära. Detta ledde fram till tio delbetänkanden och en slutrapport 1968 "Svenska kyrkan och staten" SOU 1968:11.

Sommaren 1968 tillsatte regeringen nästa utredning. Denna gång en parlamentarisk beredning, med representanter från alla riksdagspartier, vars uppdrag var att ta ställning och presentera ett principförslag. Denna beredning blev mera känd som "den myrdalska utredningen" efter Alva Myrdal som var ordförande. Fyra år senare var beredningen klar och 1972 föreslog man i "Samhälle och trossamfund" SOU 1972:36 grundläggande och omfattande förändringar vilka skulle träda i kraft 1 januari 1983.

Förslaget skickades ut på remiss och även om det sammantaget var en blandad reaktion så fanns en starkt avvisande hållning från församlingar och samfälligheter inom Svenska kyrkan. Remisstiden gick ut i mars 1973 och regeringen bestämde sig för att inte lägga något förslag i riksdagen med hänvisningen till den stora splittringen i remissopinionen.

1973 bildade ärkebiskop Olof Sundby en intern kyrklig arbetsgrupp tillsammans med Rikskommittén för stiftstingen, Församlings- och pastoratsförbundet och Kyrkans Ungdom. Gruppens uppgift var att ta fram förslag på reformer av kyrkans organisation på stifts- och riksplanet. Hösten 1974 tog kyrkominister Hans Gustafsson kontakt med gruppen för överläggningar i kyrka-stat frågan. Dessa överläggningar höll på under tre år och 1978 kom betänkandet "Stat-kyrka", SOU 1978:1. Även detta förslag skickades ut på remiss. 1979 års kyrkomöte uttalade sig, efter lång debatt, mot förslaget och situation var låst igen.

Utredningsarbetet fortsatte dock men nu med en ny inriktning. Istället för att koncentrera arbetet på relationen kyrka-stat tittade man på kyrkans organisation. Kyrkomötet skulle inte längre vara med och stifta kyrkolag men fick i gengäld självständigt besluta i frågor om bl.a. kyrkans lära, gudstjänster och gudstjänstböcker. Det reformerade kyrkomöte skulle ha 251 fritt valda ledamöter och sammanträda varje år. Svenska kyrkans centralstyrelse inrättades. Dessa förändringar trädde i kraft den 1 januari 1983. Fem år senare begärde kyrkomötet en utredning som skulle kartlägga frågor Svenska kyrkans ekonomiska och juridiska förhållanden. Efter några år framlades slutbetänkandet "Ekonomi och rätt i kyrkan", SOU 1992:9. Det avslutades med några sammanfattande modeller för den framtida relationen mellan staten och Svenska kyrkan.

En ny remissomgång började och en ny parlamentarisk beredning tillsattes. 1994 var slutbetänkandet från Kyrkoberedningen klart, "Staten och trossamfunden", SOU 1994:42. Beredningens principlösningar visade sig ha stöd från de flesta partier. Regeringen överlämnade den 15 juni 1995 en skrivelse till kyrkomötet om ändrade relationer mellan staten och Svenska kyrkan. Både riksdagen och kyrkomötet ställde sig bakom detta principförslag. Nu tillsattes ett stort antal inomkyrkliga och statliga utredningar som konsekvens av riksdagens principbeslut om ändrade relationer.

Utredningarna gick ut på bred remiss och förslagen fick ett mycket starkt stöd. Den 4 juni 1998 tog riksdagen det första av två beslut om grundlagsändringar med anledning av ändrade relationer mellan Svenska kyrkan och staten. Det andra beslutet tog riksdagen den 18 november samma år. Utöver detta har riksdagen beslutat att upphäva kyrkolagen och att upphäva eller ändra ett stort antal andra lagar. Kyrkomötet antog den 12 juni en ny kyrkoordning för Svenska kyrkan. Förändringen trädde i kraft den 1 januari 2000.