Västorgeln stod färdigt 1861 och tillverkades av firman Marcussen & Son i syd-danska Åbdenrå, på gränsen till Tyskland. Orgeln som kostade 20 000 kronor hade ursprungligen 36 stämmor, och ombyggdes 1911 till rörpneumatik. Under andra halvan av 1940-talet och början av 50-talet fick orgeln elektrifiering av A Magnussons orgelbyggeri.
Efter den senaste ombyggnaden som inleddes 2002, som innebar en återgång till det ursprungliga orgelverket är Hagaorgeln en av de större i Göteborg med 45 stämmor, tre manualer och pedal. Hela 25 av de ursprungliga stämmorna finns kvar från Marcussens orgel.
På norra läktaren står sedan 1991 en orgel inspirerad av den nordtyska barockstil som dominerade också Sverige under sextonhundratalet.
Orgeln som kallas Opus 28 Soli Deo Gloria har en fasad av ytbehandlad amerikansk vit ek.
Orgeln är byggd av John Brombaugh i Ohio, USA och har 21 stämmor och två transmissioner på två manualer och pedal. Han har tillverkat 65 orglar, men förutom i Hagakyrkan i Göteborg finns John Brombaughs orglar bara i ytterligare två länder utanför USA, en finns i Kanada och en i Japan.
Orgeln tillkom genom ett samarbetsprojekt med Musikhögskolan, och barockorgeln används också som utbildningsinstrument.
Vill du höra instrumenten är Du välkommen till gudstjänster och konserter. Du hittar information i kalendern på förstasidan.