Kyrkan byggdes mellan 1694 och 1698 av byggmästare Anders Bengtsson från Jönköping. Den gamla träkyrkan var då i så dåligt skick att en helt ny kyrka måste byggas.
Under årens lopp skulle kyrkan komma att genomgå flera förändringar men vid en omfattande restaurering 1923 återställdes kyrkan till utseendet från 1700-talets mitt.
Brandstorps kyrka är en vacker och i flera avseenden märklig kyrka, som har åtskilligt av intresse att bjuda besökaren. Kyrkogården inhägnas av en timrad stockgärdesgård. Inhägnaden är unik och endast ett fåtal finns bevarade i Sverige.
Altaret
Altaruppsatsen är en snidad och målad furu, sannolikt tillverkad av Johan Ullberg d y år 1749. Altarets mitt framställer den korsfäste Kristus mellan Maria och Johannes. Scenen flankeras av kraftiga vridna kolonner, omslingrade av vinrankor och krönta av korintiska kapitäler. Där utanför finns två kvinnogestalter, till höger symboliserande tron och till vänster hoppet.
Edens lustgård
De vackra takmålningarna som i hör grad fångar uppmärksamheten utfördes 1748 av Johan Kinnerus från Jönköping. Han är en av de målare som även skapat målningarna i Habo kyrka.
Över södra korsarmen utmålas Edens lustgård med kunskapens träd, Eva och Adam samt ormen. Syndafallet och dess följder skildras med stor inlevelse.
Uppståndelsen
I den norra korsarmen har målaren skildrat uppståndelsen - här tänkt i anslutning till Brandstorps kyrka.