Alsike församling är en del av Knivsta Pastorat. Församlingen består av nya och gamla Alsike samt Stationssamhället. Församlingens kyrka är  Alsike kyrka. I kyrkans närhet ligger också Alsike kloster.I nya Alsike finns även S:ta Maria Alsike där församlingen bedriver en stor del av sin barnverksamhet. S:ta Maria Alsike har även skola, förskola, gruppboende, lägenheter och samlingslokaler. I S:ta Maria finns även ett kapell där det för närvarande firas mässa varje fredag morgon.